A miocén időszak (23 millió év és 5, 3 millió év között) végén a kontinensek elhelyezkedése lényegében már megegyezett a mostani helyzetükkel. Dél-Amerika csendes-óceáni partvidéke 7-8 millió éve valóságos cápaparadicsomnak számított.
A mai nagy fehér cápa közeli rokonai, a hatalmas 6-8 méteres, robusztus testfelépítésű makócápák, így többek között a sima fogú makó (Isurus hastalis), más kihalt heringcápafélékkel, mint például a nagy fehérhez rendkívül hasonló Carcharodon hubbelli-vel és társaival együtt terrorizálták a széles kontinentális self sekély vizeiben honos ceteket és ősfókákat.
E falánk ragadozók is eltörpültek azonban az akkori idők leghatalmasabb tengeri ragadozója, a földtörténet legnagyobb cápafaja, az óriásfogú cápa (Carcharocles megalodon) mellett. E kolosszális egykori ragadozók csillogó zománcú fogleletei nagy számban kerültek elő a Pisco-formáció kővé vált tengeri üledéksorából.
Az átlagosan 14-16 méter hosszú és 40-50 tonna testtömegű C. megalodon legtermetesebb példányai elérték a 20 méteres hosszúságot is,
ezt bizonyítják legalábbis azok a 18 centiméternél is nagyobb fosszilis fogleletek, amelyek időnként előkerülnek az egykori tengermeder üledékeiből.
A paleontológusokat és a cápakutatókat már régóta foglalkoztatja az a kérdés, mire és hogyan vadászhatott ez a valódi zoológiai rémálomnak tekinthető, vasúti kocsi méretű hatalmas ragadozó. A porcos vázzal rendelkező cápafélék (Selachimorpha) után csak nagyon kevés testfosszília marad fenn, hiszen
ha az állat elpusztul, a vázszerkezete is többnyire teljesen megsemmisül.
Az életmódjukra ezért leginkább a fosszíliáikat bezáró kőzetekből és legfontosabb maradványaikból, a fogak szerkezetéből következtethetünk.
A miocén időszakban családszinten már az összes ma is élő (recens) csoport képviseltette magát a mainál akkor még lényegesen melegebb világtengerben, ezért egy-egy taxon életmódjára jól alkalmazható analógiaként a recens fajok életmódjának ismerete. (Ezt hívjuk az aktualitás elvének az őslénytanban.) A C. megalodon a jelenleg is létező heringcápafélék családjába (Lamnidae) tartozott.
Ebbe az egykor igen népes családba ma már csak három nemzetség öt faja, a heringcápa (Lamna nasus), a lazaccápa (Lamna ditropis), a röviduszonyú makó (Isurus oxyrinchus) a hosszúuszonyú makó (Isurus paucus), valamint a nagy fehér cápa (Carcharodon carcharias) tartozik.
Egészen az 1980-as évekig a C. megalodont (és felmenőit) ugyanabba a Carcharodon nemzetségbe sorolták, amelyhez napjainkban már csak egy faj, a nagy fehér cápa tartozik. 1987-ben egy francia ichtiológus, Henri Capetta nagy mennyiségű foglelet elemzésével kimutatta, hogy a C. megalodon és a C. carcharias fogszerkezetében olyan szignifikáns eltérések mutatkoznak, ami miatt a C. megalodont egy új, a Carcharocles nemzetségbe sorolta.
A megalodon és a nagy fehér foga csak első ránézésre tűnik nagyon hasonlónak.
A C. megalodon fogkoronája hátul lapos, elöl domború, a fogtalp vastag és mélyen beöblösödő, a fog szélei pedig enyhén fűrészezettek. Ezzel szemben a nagy fehér foga elöl-hátul lapos, a fogtalp csak nagyon enyhén öblösödik be, viszont a fog mindkét széle erősen fűrészezett.
Az eltérések és a hatalmas méret alapján a kutatók egy jelentős része úgy véli, hogy a C. megalodon teljesen másként vadászhatott, mint a nagy fehér, illetve táplálékrendjében sokkal nagyobb arányban szerepeltek dögök, különösen elpusztult óriáscetek, mint az eleven zsákmány.
Az utolsó óriásfogú cápák eltűnése a kis és közepes méretű sziláscetek hanyatlására, illetve a gigantikus méretű planktonszűrögető bálnák megjelenésére vezethető vissza, állítja Alberto Collareta, a Pisai Egyetem paleontológusa, a kollégáival készített tanulmány vezető szerzője a New Scientist szakportálnak. A miocén végétől felerősödő klímaromlás, a pleisztocén jégkorszakban kicsúcsosodó lehűlési hullám hatására a sarkvidékeken egyre vastagabbra hízott az állandó jégtakaró,
ami világszerte regresszióhoz, azaz tenger-visszahúzódáshoz vezetett,
a világóceánból kifagyó hatalmas víztömeg miatt.
Óriási kiterjedésű, korábban vízzel borított selfterületek váltak szárazfölddé,
ez pedig az élőhely összezsugorodása miatt alaposan megtizedelte a sekélytengeri élővilágot.
Mindez komoly zavart okozott a táplálékpiramisban. Collareta és munkatársai alapos vizsgálatnak vetették alá az Aquado de Lomas közelében fekvő Pisco-formáció rétegsorait. A nagy mennyiségű csontanyag többsége két fajhoz, a Piscobalaena nana fajnevű, kihalt törpebálnához, illetve a Piscophocas pacifica fókához tartozik.
E fosszilis csontok között viszonylag nagy számban találtak olyan fosszíliákat, amelyen a C. megalodon harapásnyomai azonosíthatók. Ezeknek a zsákmányállatoknak kivétel nélkül öt méter alatti volt a testhosszuk, kevesebb mint a harmada egy átlagosan fejlett C. megalodon testhosszának.
Ez a megfigyelés a kutatók szerint jól egyezik a világ más pontján előkerült hasonló leletanyagnál tapasztaltakkal, ebből pedig az következik, hogy a C. megalodon – a mai nagy fehér cápához hasonlóan –
a sekély parti övben vadászott, és a prédáját kis testű, meleg vérű emlősök alkották,
nem pedig gigantikus cetek, mint ahogyan sokáig feltételezték.
A klímaromlás miatt a miocénben még igen gazdag cetpopuláció erősen lecsökkent, és számos kis testű faj kihalt. Azoknak a nyílt tengeri életmódot folytató gigantikus ceteknek gyorsult fel az evolúciója, amelyek a hideg víz elleni védekezésül vastag szalonnaréteget növesztettek, és a két sarkvidék közötti vándorlásra rendezkedtek be. A selftengerekben élő törpebálnák szinte kivétel nélkül kipusztultak, így a C. megalodonnak lassan elfogyott a természetes prédája.
A sarkköri területekre vándorló bálnacsordákat már nem tudta követni ez az alapvetően meleg vízi cápafaj.
A megmaradt, kisebb testű cet- és úszólábú-állományon pedig egy, a C. megalodonnál sokkal fürgébb és ekkoriban feltűnt új trónkövetelővel, a nagy fehér cápával kellett osztoznia. Végül elfogyott a táplálék, és az alkalmazkodásra képtelen óriásfogú cápa is kiveszett a pleisztocén időszakban. Dana Ekret paleontológus, cápakutató, az Alabamai Természettudományi Múzeum kurátora viszont úgy véli, hogy az óriásfogú cápa időnként rátámadt a nagy bálnákra is. „Láttam ennek bizonyítékát Virginiában, egy meglehetősen nagy sziláscet fosszilis csontvázán, amelyen a Carcharocles megalodon harapásnyomai tisztán azonosíthatóak” – nyilatkozta Ehret.
De hozzátette, nem világos, hogy a bálna élő példány volt-e, amikor a cápa beléharapott,
vagy pedig egy elpusztult egyed. Számos kutató úgy véli, a C. megalodon egyszerűen túl nagy és robusztus volt ahhoz, hogy a mai nagy fehér cápa módjára vadásszon. Ezért nagyon valószínű, hogy a „törpéken” kívül a dögök is nagyon fontos részét alkották a táplálékrendjének.
Ez a hatalmas cápa a miocén időszak derekán, 16 és 14 millió évvel ezelőtt a hazánk területét elborító szubtrópusi Bádeni-tengerben is gyakori vendégnek számított. Ezt bizonyítják a Pécs melletti Danicz-puszta homokbányájából, vagy például Mátraszőlősről előkerült csillogó megalodonfogak.