A harmincéves háborút a történelemkönyvek többnyire katolikus-protestáns vallásháborúként ábrázolják, ám a világtörténelem első összeurópai fegyveres konfliktusa ennél jóval összetettebb okokra vezethető vissza. A 17. század fordulóján a Francia Királyság és a Német-római Császárság egyaránt a kontinens feletti döntő politikai befolyás megszerzésére törekedett.
A Habsburg és a Bourbon-dinasztia közötti rivalizálást tovább bonyolította a Német-római Birodalom mély politikai megosztottsága.
A többségében protestáns német fejedelemségek a rendi alkotmány sáncai mögül ellenségesen tekintettek a Habsburg császárok abszolutisztikus törekvéseire. Ennek jegyében 1608-ban nyolc fejedelem és 17 birodalmi város életre hívta a Protestáns Uniót, a Habsburg uralkodók katolizációs törekvéseivel szembeni protestáns rendi szövetséget.
Egy évvel később, 1609-ben a protestáns szövetkezés ellenében
I. Miksa bajor választófejedelem vezetésével, a pápa és a spanyol király támogatásával megalakult a Katolikus Liga.
A ligába tömörült katolikus rendek és választófejedelmek azonban ugyanúgy szembeszálltak a Habsburgok abszolutisztikus törekvéseivel, mint a protestánsok. A helyzetet tovább bonyolította, hogy a központosító törekvésekkel szemben a Habsburg Birodalom keleti területein is megszerveződött az ellenállás.
1608-ban a morva, a magyar, és a felső-ausztriai rendek léptek szövetségre egymással, 1618-ban pedig felvetődött egy cseh-magyar rendi konföderáció terve is.
A rendi ellenállás erejét jól szemléltette az 1604-ben kitört Bocskai-felkelés,
valamint a bigottan katolikus, és a protestánsok visszaszorításáért mindent elkövető II. Rudolf császár 1608-ban történt erőszakos lemondatása.
A Habsburg udvar központosító törekvéseinek hátterében a 15 éves háború hadakozásaitól kimerült államkincstár bevételeinek hosszú távú biztosítása állt, hiszen a kincstári jövedelmek mértéke a rendek megajánlásától függött.
Mindezek mellett 1617-ben a mantovai örökösödési háború miatt a Habsburg Birodalom szembekerült Franciaországgal is, amely IV. Henrik uralkodása alatt a vallási ellentétek elsimításával, valamint az Oszmán Birodalommal és a protestáns német fejedelmekkel megkötött szövetségével nyíltan a Habsburg-dominancia aláásására törekedett.
Ebben a helyzetben a cseh rendek elérkezettnek látták az időt a Habsburg-dinasztiával való történelmi szakításra.
Ennek előzménye még az a II. Rudolf által kiadott felséglevél volt, amely az augsburgi vallásbéke rendelkezéseit felrúgva, a katolikusok számára biztosított többletprivilégiumokat, ami egy, a protestánsok által használt templom elkobzásához, illetve egy általuk épített templom lerombolásához vezetett. Az 1617-ben cseh, majd 1618. május 18-án magyar királlyá koronázott hithű katolikus II. Ferdinánd elődjével, II. Miksa toleránsabb és megengedőbb, kiegyezésre törekvő politikájával szemben a megalkuvást nem ismerő ellenreformáció híve volt.
II. Mátyás halálával és Ferdinánd trónra lépésével egy csapásra dugába dőlt az a sokéves diplomáciai munka, amellyel Mátyásnak sikerült viszonylagos nyugalmat teremtenie a katolikus és protestáns rendek között. A protestánsok semmi jót nem várhattak az 1619-ben a német-római császári koronát is elnyert bigottan katolikus, és nyíltan abszolutista hatalom kiépítésére készülő Habsburg uralkodótól.
1618 májusában Heinrich Matthias von Thurn gróf (csehül: Jindřich Matyáš Thurn ) vezetésével rendi felkelés bontakozott ki Prágában II. Ferdinánd uralmával szemben. 399 éve, 1618. május 23-án a Hradzsinba nyomuló protestáns cseh nemesek, miután heves vita közben a „cseh nép árulóinak" bélyegezték a császári hatalmat képviselő Martinic várgrófot és Slavata főbírót, a császárhű főnemeseket és titkárukat kidobták a kastély ablakán.
A 18 méteres mélység ellenére az „árulók" apró sérülésekkel túlélték a zuhanást,
mivel a várfal alatt felhalmozott szeméthalomra estek. Martinic és Slavata elmenekültek, és hírét vitték a lázadásnak. A császári képviselők elkergetése után a rendek harminc direktorból álló tanácsot választottak. A tanácsnak a rendi alkotmány kidolgozása, új király választása, továbbá a védekezés megszervezése alkotta a legfőbb feladatát II. Ferdinánd várható bosszúhadjáratával szemben.
A cseh rendek a Protestáns Unió egyik tagját, V. Frigyes pfalzi választófejedelmet hívták meg a cseh trónra,
valamint szövetséget kerestek a felső-ausztriai és a magyar rendekkel is. Hollandia szövetséget kötött V. Frigyessel, a „téli királlyal", majd ezt kihasználva, később megtámadta a Habsburg-birtokban lévő Spanyol Németalföldet. Ezzel a birodalmon belüli konfliktus kezdett európai háborúvá szélesedni. A cseh hadak Bécs felé nyomultak, Ferdinánd számára komolyra fordult a helyzet.
Ám a „téli király" a kezdeti nagy remények után magára maradt: I Jakab angol király nem volt hajlandó a támogatására, és a Protestáns Liga is elvetette, hogy megvédje Frigyes cseh trónját. Eközben Ferdinánd zsoldosokat toborzott, és szövetséget kötött I. Miksa bajor választófejedelemmel, valamint III. Fülöp spanyol királlyal.
A Katolikus Liga teljes hadereje is felsorakozott II. Ferdinánd mögött
Tilly gróf fővezérsége alatt. A császári zsoldosok és a Katolikus Liga seregei miután kiszorították a cseheket Ausztria területéről, egyesítették hadaikat, és Prága ellen vonultak. A Fehérhegy mellett felsorakozott cseh, morva és sziléziai rendi hadak, valamint az őket támogató magyar seregtest az 1620. november 8-án lezajlott ütközetben megsemmisítő vereséget szenvedett Tilly gróf császári csapataitól.
A szörnyű vereség hatására a Protestáns Liga felbomlott, a „téli király" pedig sietve elmenekült Prágából.
A fehérhegyi vereséggel Csehország elvesztette minden önállóságát, és az ausztriai örökös tartományok sorába olvasztották. És ha ez még nem lett volna elég, Ferdinánd erőszakos ellenreformációs térítésbe kezdett a protestáns többségű országban.
Ám ezzel a háború korántsem ért véget, sőt, az úgynevezett cseh-pfalzi szakasz után kezdett csak igazán európaivá terebélyesedni a konfliktus. Az egyetlen, cseh szövetségben állt ország, amellyel Ferdinánd hadai nem bírtak el, Bethlen Gábor Erdélyi Fejedelemsége volt.
Az 1621 december 31-én ratifikált nikolsburgi békében
Ferdinánd elismerte az erdélyi rendek kiváltságait és megerősítette az 1606-os zsitvatoroki békét,
hét magyar vármegyét és két sziléziai tartományt engedett át Bethlennek, valamint német-római birodalmi herceggé tette, aki viszont lemondott királyi címéről (1620-ban Bethlen Gábort az országgyűlés királlyá választotta, ám ő nem koronáztatta meg magát, így közjogi értelemben nem lett király), és visszaadta Ferdinándnak a Szent Koronát.
Erdély megőrizte mind rendi függetlenségét, mind pedig vallásszabadságát, ám a későbbi években a harmincéves háború hadviselő fele maradt, a Habsburgok ellenében.
Ferdinánd azonban nem sokáig örvendezhetett a cseheken aratott győzelmének; Anglia, Dánia, és Hollandia ugyanis 1625-ben Habsburg-ellenes szövetséget kötött, amelyhez a rákövetkező évben Bethlen Gábor erdélyi fejedelem is csatlakozott. IV. Keresztély dán király betört a Német-római Császárság területére, ráadásul sem Hollandia, sem pedig Spanyolország nem tette le a fegyvert, Bethlen Gábor hadai pedig keletről szorongatták Ferdinándot.
Ám a teljhatalommal felruházott,a császári seregek megszervezésére és élére kinevezett új főparancsnok Albrecht von Wallenstein gróf, a harmincéves háború legtehetségesebb hadvezére, 40 ezres seregével
Dassau mellett tönkreverte Ernst von Mansfeld gróf protestáns seregeit,
majd 1626-ban, a lutteri csatában súlyos vereséget mért IV. Keresztély hadaira, aki az 1629-ben aláírt lübecki békével búcsúzhatott el nagyhatalmi ábrándjaitól.
Wallenstein nagy győzelemsorozata felbátorította II. Ferdinándot,
aki a protestánsok vereségén felbuzdulva 1629-ben kiadta a hírhedté vált Edictum Restitutionist, amellyel elrendelte az 1555-ös augsburgi vallásbéke óta megszerzett protestáns birtokok visszaszolgáltatását a katolikusoknak, és felhatalmazta a katolikus klérust valamint fejedelmeket , hogy birtokaikon állítsák helyre a „vallási egységet".
Az erőszakos rekatolizáció azonban hatalmas felháborodást váltott ki, csak olajnak bizonyult a tűzre,
és ismét fellobbantotta a tovaterjedő harcok lángját. 1630-tól új szövetségek pajzsa mögött Svédország és Franciaország is beszállt a harcokba.
II. Gusztáv Adolf svéd király a protestánsok védelmének jelszavával, ám egy balti birodalom megteremtésének gondolatával szállt partra Pomerániában.
II. Ferdinándot ekkorra valamennyi szövetségese cserbenhagyta
hírhedt rekatolizációs rendelete miatt. Az egyesült svéd és szász seregek 1631-ben a breitenfeldi csatában tönkreverték Tilly katolikus hadait.
Egy évvel később, az 1632. november 16-án megvívott öldöklő lützeni csatában – nagy nehézségek árán – de Wallenstein hadait is megverték, igaz, hogy a győzelemnek nagy ára volt, mivel II. Gusztáv Adolf svéd király is holtan maradt a csatatéren. A hosszú európai háború utolsó szakasza a Francia Királyság Spanyolországhoz intézett hadüzenetével vette kezdetét.
XIII. Lajos francia király csapatai lerohanták Észak- Itáliát, Dél-Németalföldet, valamint betörtek a Rajna-vidékre.
Eközben, 1637-ben elhunyt II. Ferdinánd, és ez felcsillantotta az általános béke lehetőségét, ám erre még további tíz évet kellett várni. A sorozatos francia győzelmek 1645-re, a bajorok veresége után teljesen kimerítették a recsegő-ropogó Habsburg Birodalmat.
A svéd betörés 1648-ra már Sziléziát és Prágát fenyegette, ám ekkor már javában zajlottak a kulisszák mögötti békealkudozások.
A három évtizedig tartó és egész Európát felforgató konfliktusnak az 1648-as két részletben megkötött vesztfáliai békeszerződés vetett véget. Ezt a békerendszert tekintehtjük a diplomáciatörténet első sikeres, az európai nagyhatalmi erőegyensúly megteremtését célzó kísérletének.
A három évtizedig tartó háborúskodásnak, és az Európán keresztül-kasul vándorló zsoldos hadak dúlásának
a történészek becslése szerint 8 – 12 millió ember esett áldozatául.
Németföldön egész tartományok néptelenedtek el, de szinte alig akadt ország, amely ne sínylette volna meg az első kiterjedt európai háború következményeit.
III. Ferdinánd követei először a hollandokkal és a svédekkel írták alá Osnabrückben a békeszerződést, a franciákkal és a protestáns fejedelmekkel pedig Münsterben pecsételték meg a békét. A vesztfáliai békerendszer csaknem két évszázadra, egészen a német és az olasz egység megteremtéséig beágyazta az európai nagyhatalmi viszonyokat.
Az 1700-ban kitört spanyol örökösödési háborúig egyértelműen Franciaország számított a kontinens első nagyhatalmának,
Svédország pedig baltikumi nagyhatalommá vált.
A Német-római Birodalom 1806-ban történt megszűnéséig formális államjogi képződményként létezett tovább, független és szuverén fejedelemségek laza szövetségeként, ahol a császári hatalom puszta címmé vált.
Spanyolország végleg elvesztette nagyhatalmi státuszát, a Habsburg uralkodók számára pedig 1648 után kezdtek felértékelődni a kelet-közép-európai birtokaik, a későbbi Duna-menti birodalom, a 19. század derekán létrejött Osztrák-Magyar Monarchia csíráiként.