Az amerikai vezetés a kezdetektől, már a 18. századi, britek elleni függetlenségi háború óta felhasználta a kémek és hírszerzők által szerzett információkat. A különböző felderítéssel és hírszerzéssel foglalkozó szervek azonban sokáig egymástól függetlenül ténykedtek, és féltékenyen őrizték a többi elől értesüléseiket.
A kormányzati szintű összehangolásra, központi titkosszolgálat létrehozására csak a második világháború idején került sor:
Franklin D. Roosevelt elnök 1941-ben nevezte ki az első világháború kitüntetésekkel dúsan dekorált veteránját, a jogi pályán ténykedő William ("Vad Bill") Donovant hírszerzési koordinátorrá.
A rendkívül erélyes ügyész 1942-re szervezte meg a létfontosságú információkat elemző és titkos akciókat is végrehajtó OSS-t (Office of Strategic Services).
Az OSS-t a háború végén, 1945. októberében feloszlatták,
de Donovan még korábban, Roosevelt 1945. április 12-én bekövetkezett halála előtt előterjesztést juttatott el az elnöknek, javasolva egy közvetlenül az elnöki ellenőrzés alá tartozó hírszerző szervezet létrehozását.
Franklin D. Roosevelt örökébe alelnöke, Harry S. Truman lépett. Truman, látva azt, hogy Sztálin a jaltai konferencián elfogadott szabad választásokra vonatkozó kötelezettség vállalását a Vörös Hadsereg által megszállt közép-kelet-európai országokban rendre megszegi, elődjénél erőteljesebb, konfrontatívabb külpolitikai irányvonalat alakított ki, a kommunista befolyás visszaszorítására.
Roosevelt halála után az új elnök,Truman, a State Department (külügyminisztérium,) valamint az FBI ellenkezése dacára felkarolta Donovan ötletét, és 1946. januárjában elnöki rendelettel létrehozta a Központi Hírszerző csoportot, a Central Intelligence Groupot, a CIA közvetlen elődjét.
Az 1947-ben elfogadott hírszerzési törvény ennél továbbment; a National Act of Security létrehozta az elnök közvetlen tanácsadó szervezetét, a Nemzetbiztonsági Tanácsot (National Security Counsil) valamint felállította a Központi Hírszerző Ügynökséget( Central Intelligence Agency) a CIA-t.
A Központi Hírszerző Ügynökség élére elsőként kinevezett vezető Roscoe H. Hillenkoetter ellentengernagy lett,
aki megkapta a Központi Hírszerzési Igazgató címet is.
A frissen felállított szervezet első nagyobb külföldi feladata a szovjetek által erőteljesen támogatott olasz kommunisták római koalíciós kormányból történő kiszorítása lett, amit sikerrel végre is hajtott.
A szervezet jogállásáról szóló, 1949-ben megalkotott 81-110-es közjogi törvény, ismertebb nevén a Central Intelligence Agency Act, a CIA-t kivette a szövetségi költségvetés törvényi korlátai alól,
biztosítva a titkos pénzügyi eljárások és adminisztráció alkalmazását a szervezet számára.
A törvény a CIA fő feladatként a külföldi kormányokról, vállalatokról, állampolgárokról szóló információk beszerzését, feldolgozását, illetve különböző titkos műveletek végrehajtását jelölte meg. A törvény igen széleskörű jogosítványokat biztosított az ügynökség számára külföldön, de belföldön nem ténykedhetett, ez továbbra is az FBI feladata maradt.
A CIA a létrehozásakor csak és kizárólag az elnök felügyelete alá tartozott,
sem a kongresszus, sem pedig a szenátus nem gyakorolhatott felette közvetlen irányítási illetve ellenőrzési jogot.
A különleges felhatalmazásra a szovjet titkosszolgálat, a KGB világviszonylatban kiterjedt és rendkívül agresszív tevékenységének semlegesítése miatt volt szükség.
A CIA főhadiszállását a főváros közvetlen közelében, a virginiai Langley-ben állították fel. A szervezetnek a kormányszerveken belüli igen széleskörű autonómiája a hidegháborús időszak leghíresebb CIA igazgatója, Allen Dulles hivatali ideje alatt még tovább növekedett.
Már a kezdeti időktől fogva a titkos költségvetés, a titkos ügynöklista, és a törvényhozási ellenőrzés kikerülése révén megvalósulhatott az a legfőbb célkitűzés, amiért a hidegháború hajnalán valójában létrehozták:
a szovjet befolyás és a KGB hatékonyságának ellensúlyozása.
A CIA titkosszolgálati tevékenységének fő csapásirányát az elnök 1947. március 12-én a kongresszushoz intézett beszéde, a történelmi köztudatba csak Truman-doktrínaként bevonult új külpolitikai irányvonal meghirdetése jelölte ki.
A Truman-doktrína értelmében az Egyesült Államok nem tűri el az 1945-ös jaltai és potsdami konferencián lefektetett status quo erőszakos megváltoztatását, gazdasági, de adott esetben katonai segítségnyújtással is mindenütt megakadályozza ezeket a törekvéseket ott, ahol a kommunizmus térhódítása fenyeget.
A Truman-doktrína jegyében a CIA neki is látott a Moszkvából irányított kommunista térhódítás visszaszorításának.
A nyitányt az 1953-ban Iránban levezényelt Ajax-hadművelet jelentette, amellyel megdöntötték Mohamed Moszadek miniszterelnök hatalmát, és a száz százalékig Amerika-barát Mohamed Reza Pahlavi sahot állították az ország élére.
A politikai sikernek gazdasági hozadéka is lett, az olajüzletből származó haszon amerikai kézbe kerülésével.
Irán után Guatemala következett, ahol a PBSUCCES hadművelettel megbuktatták az elnököt, helyére egy amerikaiak által támogatott politikus került.
A CIA első nagy kudarcát 1961-ben Kubában, a Fidel Castro hatalmának megdöntésére szervezett Disznó-öbölbéli partraszállással szenvedte el.
Az úgynevezett Playa Girón-i inváziót a CIA készítette elő, amelynek az amerikai titkosszolgálat által kiképzett Castro-ellenes emigráns kubai felkelők partra szállítása, és Fidel Castro kommunista rendszerének megdöntése lett volna a kitűzött célja. Az akció azonban balul sült el, és alig hatvan óra leforgása alatt totális kudarcba fulladt.
A kormánycsapatok leverték a fegyveres államcsíny kísérletet,
és mintegy 1200 felkelő kubai fogságba esett. Castro ezután a CIA "örök mumusává" vált, akit tucatnyi alkalommal, úgynevezett célzott műveletek egész sorával kíséreltek meg eltenni láb alól, mindig sikertelenül.
A kubai diktátor likvidálására egészen különleges módszereket eszeltek ki, kezdve méreggel átitatott búvárruha ajándékba küldésétől (Fidel Castro lelkes hobbibúvárként sokat merült,) egészen a maffia bevonásáig.
A Disznó-öbölbeli látványos balsiker volt az első alkalom, hogy az amerikai közvélemény tudomást szerzett a CIA kulisszák mögött folytatott mesterkedéseiről. Ettől kezdve a szervezet még a korábbiaknál is jobban igyekezett eltűnni a közvélemény látóköréből.
A "cég" tekintélye a hetvenes években süllyedt a mélypontjára, amikor kiderült, hogy az akkor hivatalban lévő elnök, Richard Nixon bukását okozó Watergate-botrány résztvevői volt CIA ügynökök voltak. 1972 nyarán G. Gordon Liddy volt CIA-ügynök Nixon tanácsadójának megbízásából, és igen nagy valószínűséggel,az elnök tudtával, betört a Watergate-ház egyik irodaként is használt lakásába, amelynek a Demokrata Párt akkori elnöke,Larry O'Brien, Nixon riválisa volt a kárvallottja.
A volt CIA-ügynök poloskákat rejtett el a lakásban,
amelynek segítségével le tudták hallgatni O'Brien bizalmas beszélgetéseit. A Washington Post két újságírója által leleplezett botrány hullámai egészen a Fehér Házig csaptak: a skandalum miatt béna kacsává lett Nixon 1974. augusztus 9-én kénytelen volt lemondani a Watergate-ügyben feltételezett szerepe miatt.
A Watergate-botrány nem kímélte meg a CIA-t sem.
A lapok arról is cikkeztek, hogy hiába tiltotta törvény,
a CIA ügynökei a vietnami háború ellen tiltakozó amerikai aktivistákat figyeltek meg,
de az utolsó csepp az volt a pohárban, amikor kiszivárgott és a New York Times címlapjára került az a belső, szigorúan titkos jelentés, amely a szervezet piszkos és illegális tevékenységéről adott képet.
A jelentős presztízsveszteséget, a szenátusi és a képviselőházi bizottsági vizsgálatokat túlélve az ügynökség világszerte tovább folytatta titkos hadműveleteit. A CIA így többek között
1973-ban részt vett a szovjet és kommunista-szimpatizáns baloldali Allende-kormány megbuktatásában Chilében,
és Augusto Pinochet tábornok hatalomra segítésében.
A szervezet tanácsadói az 1979. decemberi afganisztáni szovjet bevonulás után elkezdték az iszlám lázadók, a mudzsahedinek katonai kiképzését,abból a célból, hogy azok kezdjenek gerillaháborúba a szovjet megszállók ellen. Ez a terv azonban hosszú távon visszaütött, hiszen az iszlamista lázadók - élükön Oszama bin Ladennel – a Szovjetunió kivonulása után az Egyesült Államok legnagyobb ellenségei lettek.
A hetvenes években sikerült Európában a francia és az olasz kommunisták erős befolyását jelentősen visszaszorítani, bár ennek egyes összeesküvés-elméletek szerint igen komoly ára volt.
E teóriák szerint a 70-es évek hírhedt radikális baloldali szervezetei, mint például az emberrablások és gyilkosságok sorozatát elkövető nyugat-német Vörös Hadsereg Frakció (Rote-Armee-Fraktion RAF), valamint az olasz Vörös Brigádok (Brigate Rosse, röviden: BR ) terhére írt akciók elkövetői közül többen is kaptak támogatást a CIA-tól, mert Langley-ben azt remélték: a közvélemény szemében jelentősen romlani fog a baloldal megítélése.
A több bestseller-írót megihlető, a 2001. szeptember 11-i terrortámadások után a terrorizmus elleni globális amerikai küzdelmet irányító ügynökséget az új évezredben sem kerülték el a botrányok.
Bírálták a 2001-es merényletek előtti feltételezett mulasztásokért,
a titkos CIA-börtönök és az ott folyt kínzások, és a WikiLeaks portál által kiszivárogtatott, a tiltott adatgyűjtésekre vonatkozó információk miatt.
A legfrissebb hírek szerint az ügynökség viszonya az új amerikai elnökkel, Donald Trumppal sem tekinthető felhőtlennek.