A 17. század első felének Európáját még a vallási jelszavakkal indított, de valójában a hatalmi befolyásért vívott véres csatározások, a hosszúra nyúlt harmincéves háború (1618 - 1648) jellemezték. A harmincéves háború korszakának pápái, V. Pál, XV. Gergely és VIII. Orbán értelemszerűen a katolikus fejedelmeket támogatták a protestáns uralkodók ellen viselt háborúban.
XV. Gergely új alapokra helyezte az 1622-ben felélesztett Hitterjesztési Kongregációt, amely a katolikus egyház világszerte folytatott missziós tevékenységét felügyelte, illetve koordinálta a Kúria szervezeteként. A katolikus keresztény hit elsősorban a Hitterjesztési Kongregáció missziós tevékenysége nyomán vált az összes kontinensen elterjedt világvallássá. Ugyancsak XV. Gergely nevéhez fűződik az egyik legjelentősebb tanítórend, a piaristák működésének a jóváhagyása is.
Az ellenreformációban és a katolikus hitélet megújításában kulcsszerepet játszottak a tanító, illetve a missziós tevékenységet végző szerzetesrendek. Különösen nagy befolyásra tett szert az 1540-ben Loyolai Szent Ignác alapította Jézus Társaság; a jezsuiták nemcsak a kor legképzettebb teológusainak és hitszónokainak számítottak, hanem a katolicizmus harcos védelmezőinek és terjesztőinek is.
Sikerüket többek között a rendkívül hatékony, a rend katonai hierarchiára emlékeztető szervezetének köszönhették. ( A jelenlegi Szentatya, Ferenc pápa is a jezsuita rendben kezdte el egyházi szolgálatát, a szerk.) A 17. század pápái közül különösen kiemelkedő egyházfejedelemnek számít XI. Ince, aki Magyarország felszabadítására, és a hódító iszlám Európából való kiűzésére tette fel pontifikátusát.
Az ő fáradozásainak köszönhető az 1684-ben tető alá hozott összeurópai oszmánellenes szövetség, a Szent Liga, és Buda, illetve a Magyar Királyság hódoltáság alatt álló területeinek felszabadítása.
A 18. század, a felvilágosodás és a francia forradalom kora új kihívások egész sora elé állította a pápaságot. A felvilágosodás középpontjában az ész kultusza, a racionalizmus állt, amely az 1789-ben kitört francia forradalom alatt a jakobinus diktatúra idején egészen az ideológiai alapokon álló istentagadásig, az ateizmusig jutott el.
Az úgynevezett felvilágosult abszolutizmus uralkodói, köztük II. (Nagy) Frigyes porosz király, vagy a Habsburg Birodalom feje, II. József császár, a „kalapos király" nyíltan szimpatizáltak a szabadkőművességgel, és politikájuk középpontjába az egyház befolyásának radikális visszaszorítását állították.
E korszak egyházfejedelmei közül az 1740-ben pápává választott XIV. Benedek volt az, aki elsőként felismerte, hogy elengedhetetlenné vált az egyház korszellemhez való alkalmazkodása, és a pápaságnak a világi hatalom feladásával tisztán lelki erővé kell átalakulnia. Az egyháztörténet egyik legműveltebb pápájaként számontartott XIV. Benedek
e felismerésével csaknem egy évszázaddal megelőzte a saját korát.
A 19. században, a forradalmak, a nemzetállamok és a polgári társadalmi rend kialakulásának korában vált véglegessé a szekularizáció, vagyis az állam és az egyház szétválása. 1859-ben az olasz egység létrejöttével pedig a pápai államnak is végleg bealkonyult; 1871-ben az olasz parlament törvénybe iktatta a pápa világi hatalomtól való megfosztását.
Az elvilágiasodás általános jelenséggé vált,
a francia forradalom örökségeként pedig két német filozófus, Karl Marx és Friedrich Engels munkássága nyomán egy új, nyíltan ateista alapokon álló ideológia, a kommunizmus kezdte meg hosszúra nyúlt romboló terjeszkedését.
A polgárosodás korának kihívásaira a 19. század legnagyobb formátumú egyházfejedelme XIII. Leó adott elsőként modern, korszerű válaszokat, mintegy átvezetve az egyházat és a pápaság intézményét a 20. századba. Az ő uralkodása alatt valósult meg a pápaság modern korhoz kötése.
XIII. Leó nevéhez számos jelentős körlevél fűződik,
így többek között az egyház és a modern kultúra összehangolásáról (Inscrutabili Dei consilio), az emberi szabadságjogokról (Libertas praestantissium) , vagy a „pusztító ragálynak" nevezett kommunizmusról (Graves de communi), az állampolgári kötelességekről (Sapientiae christianae), illetve a keresztény demokráciáról (Quod apostolici muneris). Az 1891-ben kiadott Rerum novarum címet viselő enciklikája az első olyan pápai körlevél, amely a szociális igazságtalanságokkal és a munkásság helyzetével foglalkozott.
Pontifikátusa alatt kezdtek felvirágzani a modern biblikus tudományok és a keresztény bölcselet megújulása is az ő pápaságával vette kezdetét.
A 20. században felgyorsult szekularizáció, az elidegenedés, az anyagias, materialista életszemlélet térhódítása, valamint a pusztító ateista ideológiák, a bolsevizmus és a nácizmus romboló hatása a kor pápáit először az ateizmus, majd a 20. század végétől egyre inkább az egyháztól való elfordulás elleni küzdelemre sarkallták.
Az első világháború viharos éveiben a nagy világégés korának pápája, XV. Benedek minden igyekezete ellenére sem tudott semmilyen befolyást gyakorolni a hadviselő felekre, és látnoki intelmei ellenére, a Párizs környéki igazságtalan békerendszer hatályba lépését sem tudta megakadályozni. Az 1917-es békefelhívását Oroszország, Franciaország és Olaszország még csak válaszra sem méltatta. A győztes és bosszúra szomjas nagyhatalmak pedig a párizsi béketárgyalásokra meg sem hívták a Vatikánt.
Noha Benedek pápa diplomáciai erőfeszítései kudarcba fulladtak, humanitárius tevékenysége mégis óriási jelentőségűnek tekinthető. A kortársai közül egyedül csak ő emelte fel a szavát az örmény népirtás ellen, több mint 100 ezer háborús sebesülten segített, és széles körű akciót indított a háborús árvák megsegítésére.
A 20. század két legvéresebb diktatúrája, Sztálin bolsevik rendszere, és Adolf Hitler náci Németországa felújította az ókori Rómára jellemző intézményesített keresztényüldözést. XI. Piusz pápa az 1937-ben kiadott enciklikájában mindkét embertelen ideológiát, a kommunizmust és a nácizmust is elítélte. A második világháború borzalmakban és embertelenségben még az első nagy világégést is jóval felülmúlta.
Az 1939-ben megválasztott XII. Piusz nem sokat tehetett a borzalmak megakadályozásáért, ami miatt utóbb - igaztalanul – sok szemrehányás is érte, pedig ahol tudott segített; így például komoly szerepe volt Róma zsidó lakossága elbújtatásának a megszervezésében, több ezer ember megmentésében.
1958-ban XXIII. János trónra lépésével új korszak és új irányzat vette kezdetét a pápaság, és az egész római katolikus anyaszentegyház történetében. Az általa kezdeményezett, 1958 és 1964 között lezajlott II. vatikáni zsinat az „aggiornamento" vagyis a korszerűsítés és modernizálás jegyében a tridenti zsinat óta a legjelentősebb változásokat eredményezte az egyházi és a hitéletben.
„Krisztus jegyese ma szívesebben nyúl az irgalmasság olaja után, mintsem hogy a szigor fegyverével fenyegetőzzék; úgy véli, hogy jobban segít korunk szükségletein, ha tanításának gazdagságát kínálja fel az embereknek és senkit sem ítél el"- XXIII. János ezekkel a szavakkal fejezte ki a zsinat szellemiségének lényegét, a szolgáló egyház vízióját,
önmagát pásztornak, a többi keresztény felekezetet pedig „elszakadt testvéreinknek" nevezve.
A zsinat egyik legfontosabb dokumentuma a Lumen gentium, amely a triumfáló egyház helyébe a szolgáló egyház fogalmát állította.
Elfogadta továbbá a római katolikus anyaszentegyház és a nem keresztény vallások viszonyáról szóló Nostra aetate című deklarációt is, amely többek között kimondja:
„Az egyház értékeli a hinduizmusban a mélyreható elmélkedést, az önfegyelmező életformát; a buddhizmusban a megvilágosodás útján történő tökéletességre törekvést; az iszlámban pedig a keresztény vallások sok elemének meglétét."
A deklaráció legrészletesebben a zsidó vallással foglalkozik, kihangsúlyozva, hogy az egyház az Ótestamentumban gyökerezik, a zsidóságot és a kereszténységet pedig szoros szellemi kapcsolat fűzi egybe.
XXIII. János utóda, VI. Pál, aki 1964 és 1978 között ült „Szent Péter trónusán" , az egyházi reformok zsinati szellemben való végrehajtásával alapozta meg utóda, II. János Pál pasztorizációs munkásságának kiteljesítését.
A XXIII. Jánossal együtt szentté avatott II. János Pál pápa volt az,
aki következetesen végigvitte a II. vatikáni zsinat minden egyes pontjának megvalósítását. Határozottan szembeszállt a 20. század végétől kibontakozó divatos irányzattal, az erkölcsi relativizmussal.
Pontifikátusa során több mint száz utazást tett a világ számos országába,
emberközelbe hozva az evangélium hirdetését.
Személyes fellépésével, pasztorizációs küldetésével a modern kor pápái közül talán ő gyakorolta a legnagyobb hatást a hétköznapi hitélet megerősítésére. 2005-ben bekövetkezett halála után a konklávé a német Joseph Ratzinger bíborost választotta meg pápának, aki XVI. Benedek néven foglalta el Szent Péter trónját.
Deus Caritas Est című első enciklikájában a keresztény szeretetről és az egyház szeretetszolgálatáról elmélkedett. Pontifikátusa alatt nem engedett az úgynevezett liberalizációs pressziónak, képzett hittudósként szilárdan kitartott a kereszténység fundamentumát alkotó hitelvek mellett.
2013-ban történt lemondása óta viseli a jelenlegi Szentatya, Ferenc, a pápai méltóságot Krisztus Péternek mondott szavai szellemében: „Őrizd nyájamat, és legeltesd a juhaimat."