A Szlovákiával folytatott borvita eredete a trianoni békeszerződés öröksége. 1920-ban a szerződés két falut: Kistoronyát és Szőlőskét, valamint Sátoraljaújhely határának egy részét a csehszlovák államnak juttatta. Ez összesen 172 hektár szőlőt jelentett a borvidékből.
Mivel voltak Tokaj-Hegyaljához tartozó területei Csehszlovákia teljes joggal lépett be az eredetvédelmet szavatoló lisszaboni egyezménybe - jóval Magyarország előtt. A rendszerváltás előtt a borvidéken termelő borkombinát elsősorban a mennyiségi szemlélet mellett tette le a garast, ezért a határ másik oldalán termelt tokaji szőlőt is felvásárolták.
A 90-es évek kezdetén azonban lejárt az a nemzetközi szerződés, amelynek értelmében Magyarországra szállították a csehszlovák tokaji szőlőt. Az Antall-kormány nem kötött újabb egyezséget, ráadásul időközben Csehszlovákia is megszűnt létezni.
Szlovákiának elvben joga van ahhoz, hogy használja a Tokaj nevet, azonban a határ szlovák oldalán termelt tokaji borok nem ütik meg a Tokajból származó borokkal szemben támasztott minőségi követelményeket. A tokaji-ügy a '90-es évek folyamán mindvégig vitatéma volt a határ két oldalán.
Az EU-csatlakozáskor Szlovákia is bejelentette igényét a tokaji védelmére. Az EU Magyarországnak adta meg a tokaji névhasználatot, azonban rendezni kellett a vitát Szlovákiával. A 2004 nyarán megkötött egyezség értelmében Magyarország a tokaj-hegyaljai borvidék részének ismerte el a szlovákok által birtokolt területet, cserébe Szlovákia becikkelyezi a tokajira vonatkozó magyar törvényi szabályozást,
A megállapodás azonban csak az eredeti 1908-as bortörvény értelmében Tokaj-Hegyaljának minősített 172 hektár szőlőre vonatkozik. A szlovák fél azonban máig mintegy kilencszáz hektárnyi szőlőt próbál tokajiként elismertetni. Ráadásul Pozsony a törvényt sem cikkelyezte be, így kerülhet piacra Szlovákiában például kétputtonyos aszú.