III. 2. Genetikai kockázatok
Az antibiotikumrezisztencia-gének (pl. kanamicin-rezisztencia) veszélyt jelenthetnek, az EU 2006 után azonban már nem engedélyezi olyan GM termékek felhasználását, melyekben antibiotikum-rezisztencia gén (mint szelektálható marker gén) is jelen van.
Új vírustörzsek keletkezése is felmerülhet azoknál a vírusrezisztens transzgénikus növényeknél, melyek genomjában valamilyen vírusgén (pl. burokfehérjegén) integrálódott. A feltételezés arra alapul, hogy a GM-növények sejtjében a vírusgénekről (RNS, DNS) szintetizálódó vírus RNS-ek, illetve fehérjék rekombinálódhatnak a növényt fertőző vírus RNS-ekkel, mely új vírusformák kialakulását eredményezheti. Annak ellenére, hogy ennek a valószínűsége rendkívül kicsi, a vírusrezisztens transzgénikus növények lassan terjednek a világban.
A transzgén megszökése a kultúrflóra irányába azonban valós problémát jelenthet, amennyiben ebből problémát csinálunk. Ugyanis nyugodtan állíthatjuk, hogy a transzgén megszökése nem akadályozható meg. A transzgén megszökése azt jelenti, hogy a gént hordozó növény, illetve növényi rész (pollen, mag, gyökér, gumó, hagyma stb. - minden, amiből új növény regenerálódhat) kikerül az ember kontrollja alól, ami magában hordozza annak lehetőségét, hogy kereszteződéssel, fizikai keveredéssel átkerülhessen más fajba, fajtába. Az Európai Unió tagállamaiban a génmegszökés megelőzésére és kiküszöbölésére koegzisztencia- (együtttermesztés-) törvényt dolgoznak ki és terveznek bevezetni. Hazánkban a Parlament idén ősszel elhalasztotta ennek a törvénytervezetnek a tárgyalását.
A génmegszökés azonban nem csak a kultúrflóra irányába történhet, hanem a természetes flóra felé is. Ez akkor fordulhat elő, ha a kultúrnövénynek vannak rokonfajai a természetes vegetációban, olyan fajok melyekkel kereszteződve fertilis utódokat képes létrehozni. Különösen veszélyes a transzgének megszökése az erdei fás növények és a rét, legelő gyepalkotó fűfajai és pillangósvirágú növényei esetében. Ezek a fajok ugyanis a hazai növénytársulások meghatározó fajai, és idegentermékenyülő (szél- és rovarporozta) fajok. E fajoknál a jövőben elképzelhető a biodiverzitás változása azt követően, hogy ezeknek a fajoknak is megjelennek a GM változatai a mezőgazdasági, erdészeti és gyepgazdálkodási területeken.