A Legfőbb Ügyészség új eljárásra utasító határozata szerint a főügyészség döntése a belső jog, a büntető anyagi jogszabályok helytelen alkalmazásán, illetve a nemzetközi jogi rendelkezések téves értelmezésén alapul. Továbbá a főügyészséget egyértelműen mulasztás terheli amiatt, hogy nem közölte a sértettekkel és a feljelentővel nyomozást megszüntető határozatát.
Az 1956. október 25-i Kossuth téri, több halálos áldozatot követelő sortűz ügyében a főügyészség több mint egy évvel ezelőtt emberiség elleni bűntett alapos gyanújával kihallgatta E. József egykori kormányőrt.
A gyanúsítás szerint a volt kormányőr őrnagy az V. kerület, Akadémia utca 17. szám alatti pártközpontot védő fegyveresek egyik parancsnoka volt 1956. október 25-én. A Parlament előtti békés tüntetés során a lövöldözés elől menekülő fegyvertelen személyekre kormányőr társaival együtt több lövést adott le. Ezt E. József maga is elmondta gyanúsítotti kihallgatásakor. A fegyverhasználat következtében többen meghaltak, illetve megsérültek.
A főügyészség ez év júniusi határozatában azonban elévülés címén megszüntette a nyomozást a Legfelsőbb Bíróság 1998-ban sortűz-ügyben született hasonló tartalmú jogerős határozatára hivatkozva.
Azonban a Deport ´56 - amely feljelentésével kezdeményezte a büntetőeljárást - panaszt tett a főügyészségi határozat ellen részben azért, mert az abban foglaltak a Legfelsőbb Bíróság sortűz-ügyben 1999-ben kihirdetett felülvizsgálati döntése nyomán túlhaladottá váltak, részben pedig azért, mert a főügyészség az országgyűlési biztos 1999-es vizsgálati jelentésében foglaltak ellenére nem értesítette a nyomozás megszüntetéséről a sértetteket.
A Legfőbb Ügyészség határozata szerint a Deport ´56 panasza alapos volt, ezért a sérelmezett főügyészségi határozatot hatályon kívül helyezték, és új eljárásra utasítottak, továbbá megállapították a főügyészség mulasztását a sértettek értesítésének ügyében.