Az NFT kritikái két oldalról érkeznek, azonban felmerül a kérdés, hogy a két oldalt tulajdonképpen mi testesíti meg.
A probléma ott gyökeredzik, hogy az Nemzeti Fejlesztési Tervnek egyszerre kell megfelelnie az uniós és a magyar elvárásoknak. (Egyszerre kell az Európai Tanács (1260/1999/EK határozat) azaz az EU elvárásainak és a magyar, nemzetstratégia mellett érvelő szakértőknek megfelelnie.) Egyik oldalról az EU szempontok között nem szerepelnek meghatározó prioritásként a magyar szempontok, míg Magyarországnak valóban az az érdeke, hogy a területi szinten fontos kérdések mentén szülessenek meg az Operatív programok, rajtuk keresztül a későbbi beruházások és fejlesztések.
Az NFT hazai kritikusai szerint kevés az öt operatív program, kevés az öt átfogó cél, illetve a fejlesztési területek komolyabb specifikációt igényelnének. Az unió álláspontja ezzel szemben az, hogy egyszerű, átfogó prioritások megjelölése szükséges, a lehető legkevesebb Operatív program mellett. A Nemzeti Fejlesztési Terv e két elvárás között igyekszik megteremteni az egyensúlyt. Igyekszik képviselni a magyar érdekeket, és meg kíván maradni az Európai Unió által megfogalmazott kereteken belül (1260/1999/EK).