Idővel Flea és Anthony úgy döntött, hogy barátjuk emlékére újból összeállnak. Slovak helyére egyik legnagyobb rajongójukat, John Frusciante-t kérték fel, akinek gitárjátéka nagyban hasonlított a tragikus sorsú fiatalemberéhez. Az új dobos megtalálása azonban nehezebb feladatnak bizonyult. Hirdetéseket tettek közzé, amelyeknek köszönhetően dobosok hada akarta próbára tenni tudását és szerencséjét. A reménytelennek tűnő nap utolsó meghallgatottjaként lépett fel Chad Smith, és meglett a hiányzó láncszem. Ismét négytagú volt a zenekar, amely 1989 márciusában újra turnézni indult.
Szintén ebben az esztendőben jelent meg a következő album, amely a Mother's Milk címet kapta. A Knock Me Down című számot Slovak emlékére írták. Az albumot követő turnén már szigorú drogellenes szabályokat léptettek életbe. Az amszterdami show után végérvényesen a média középpontjába, a Micsoda nő című film Show Me Your Soul című betétdalával pedig az angliai lista 30. helyére kerültek.
Ezután jelent meg a platinalemezzé vált Bloodsugarsexmagik című album, amely kitörő sikert aratott, és egy évig rajta volt az amerikai Billboard listán. A banda tagjai minden nagyobb magazin címoldalán megjelentek, Give It Away című daluk klipje pedig elnyerte a legjobb áttörés kategóriában az 1992-es MTV Awards díját. Az Under The Bridge minden nagyobb zenei lista élére került világszerte.
A következő turnékon olyan bandák voltak az előzenekarok, mint a Nirvana, a Pearl Jam vagy a Smashing Pumpkins. Az ázsiai koncersorozat alatt azonban beütött a baj. John elhatározta, hogy otthagyja a bandát. Újabb hirdetések következtek, újabb próbálkozások egy új gitáros megtalálására. A több ezer jelentkező közül Jesse Tobias bizonyult a legjobbnak, de ő sem volt az igazi, úgyhogy rövid idő után tőle is megváltak.
Ismét nehéz időszak következett. Michaelt krónikus fáradtság tüneteivel kezelték, s ugyanebben az időszakban volt szemtanúja barátja, River Phoenix halálának.
Immáron sokadszorra Dave Navarrót kérte fel a Chili, hogy csatlakozzon hozzájuk. Aki eddig többször is visszautasította őket végre igen mondott. Dave olyan egyedi stílussal rendelkezik, amelyre a Red Hot Chili Peppersnek nagyon szüksége volt.
Rövid feltöltődés után nekiláttak hetedik stúdióalbumuk munkálatainak. A One Hot Minute 1995-ben jelent meg, s ismét a reflektorfénybe állította a bandát.
Michaelt a Bass Player Magazine 1996-ban az év gitárosa címmel tüntette ki. Az év októberében hozzájárultak egy John Lennon-emlékalbum elkészítéséhez az I Found You című dal feldolgozásával. Dave és Michael Perry Farrell-lel együtt megírták Howard Stern Intim részek című filmjéhez a főcímdalt, amely a Hard Charger címet viseli. Szintén a Chili komponálta a Beavis and Butthead Do America című mozifilm főcímzenéjét is.