R. Várkonyi Ágnes a Rákóczi-szabadságharc, a Zrínyi-mozgalom kiemelkedő kutatója és a hazai történeti ökológia megteremtője volt, de foglalkozott a történetírás történetével is.
Történészi munkásságáért számos elismerésben részesült, így többek között 2003-ban a Magyar Köztársasági Érdemrend középkeresztjével tüntették ki, 2000-ben pedig Széchenyi-díjat kapott.
R. Várkonyi Ágnes 1951-ben szerzett diplomát az Eötvös Loránd Tudományegyetem magyar–történelem–levéltár szakán, mestereinek Kumorovitz L. Bernátot, Hajnal Istvánt és Léderer Emmát tekintette.
Diplomavédése után a Magyar Tudományos Akadémia Történettudományi Intézetének munkatársa lett, majd 1983-tól 1998-ig az ELTE Bölcsészettudományi Karának középkori és kora újkori magyar történet tanszékének vezetője volt. Az egyetem 1999-ben adományozott neki professor emeritusi címet.
"Tudományos és ismeretterjesztő munkássága, valamint több évtizedes oktatói pályája során generációknak adott át felmérhetetlen ismeretanyagot, nyújtott kutatói szemléletmódot, etikus szakmai példát" – áll a család által kiadott közleményben.
A Magyar Tudományos Akadémia (MTA), az Eötvös Loránd Tudományegyetem és az MTA BTK Történettudományi Intézete R. Várkonyi Ágnest a saját halottjának tekinti.