II. János Pál pápát egyszerre ünnepelték modernsége, és szidták maradisága miatt. Az egyházat közvetlenebbé és barátságosabbá tette: több mint száz országot látogatott végig, ő volt az első pápa, aki több millió hívővel személyesen is találkozott. Rengeteg olyan országot is felkeresett, ahol alig élnek katolikusok, a világ legszegényebb afrikai államaitól a gazdag protestáns Skandináviáig mindenütt imádkozott a helyiek boldogulásáért.
Bocsánatot kért az inkvizíció és az erőszakos térítés bűneiért, rehabilitálta Giordano Brunot, az egyházi tanokkal összeegyeztethetőnek nevezte a darwinizmust, zsinagógába és mecsetbe látogatott. Igyekezett erősíteni a párbeszédet a világ többi egyházával: az anglikánokkal, az evangélikusokkal, az örmény keresztényekkel közös nyilatkozatokat is kiadott, de találkozott az ortodox kereszténység, a zsidóság és az iszlám több vezetőjével is. Elődeinél jóval több embert avatott szentté és boldoggá, köztük sok világi embert is.
Kampányolt a világbékéért, bíborosi kinevezéseivel jelentősen megerősítette az afrikai, a dél-amerikai és az ázsiai közösségek befolyását a római katolikus egyházban. Támogatta a karizmatikus és a helyi tradíciókra építő közösséget, és megerősítette az ifjúsági szervezeteket. Igyekezett korszerű maradni, hetvenéves is elmúlt már, amikor ellátogatott Bob Dylan olaszországi koncertjére illetve amikor találkozott a U2 énekesével.
Hajthatatlannak bizonyult néhány olyan szabály esetében, amelyeken saját egyházán belül is sokan lazítottak volna: nem egyezett bele a papi nőtlenség feloldásába, pedig Európa egyes részein sokak szerint e szabály miatt küzd komoly paphiánnyal az egyház. A fogamzásgátlást semmilyen körülmények között, az AIDS-cel leginkább fertőzött területeken sem tartotta elfogadhatónak, bár több püspök is jelezte, hogy lazítani kellene az óvszert kategorikusan tiltó szabályon. Az abortuszt a holokauszttal egyenértékű bűnként értékelte, és arra sem volt hajlandó, hogy beleegyezzen a nők pappá szentelésébe, bár uralkodása alatt igyekezett sokszor felszólalni a nők érdekében. Uralkodása utolsó évtizedében komoly patrónusa lett az Opus Dei nevű, sokat támadott ultrakonzervatív közösségnek, amelynek világi tagjai egyes vádak szerint gazdasági és politikai befolyásra törekednek szerte a világon.