Karol Wojtyla rövid ideig uralkodó elődje tiszteletére a II. János Pál nevet vette fel. Első hivatalos útja Assisibe, Szent Ferenc sírjához vezetett. 1979-ben pedig belevetette magát a nemzetközi kapcsolatokba. Januárban elfogadta, hogy közvetítsen a Chile és Argentína közötti politikai vitában, fogadta a szovjet külügyminisztert és elutazott Mexikóba. Még ugyanebben az évben százezrek találkozhattak vele Lengyelországban, az USA-ban és a 98 százalékban muzulmánok lakta Törökországban. A következő évben féltucat afrikai országban és Brazíliában is látogatást tett, és találkozott a jugoszláv és az amerikai elnökkel, és az anglikán vallású II. Erzsébet királynővel.
1981-ben tovább folytatta a különleges találkozók és utazások sorát. Fogadta Lech Walesát, a lengyel Szolidaritás vezetőjét, akinek mozgalmát csak egy katonai hatalomátvétel után tudta leverni a kommunista rezsim. Találkozott a pápa ebben az évben Róma főrabbijával és olyan országokba is elutazott (Pakisztán, Japán) ahol alig élnek katolikusok. Elküldte követeit az ENSZ-be, az USA-ba és a Szovjetunióba, hogy a nukleáris fegyverek leszereléséről meggyőzze a világ vezetőit.
1981-ben az egyházi hagyomány szerint beteljesedett a Fatimai Szűz harmadik jelenése. 1917-ben három portugál pásztorgyereknek többször is megjelent Szűz Mária, és a gyerekeknek három látomásuk volt. Az úgynevezett fatimai titkot sokáig csak ők és a pápa ismerhette. A megoldást ma már megtudhatta a világ: az első két látomás a két világháború borzalmait vetítette előre, a harmadik pedig a pápa elleni merényletet. Egy fehér ruhás egyházi férfi esett össze a harmadik jelenésben. 1981. május 13-án (a Fatimai Szűz hónapokig minden hónap 13-án jelent meg a gyerekeknek) a Szent Péter téren rálőttek a pápára. II. János Pál súlyos sérülést szenvedett, a következő hónapokban kétszer is megoperálták, de szerencsésen felépült. Még súlyos beteg volt, amikor öt nappal a merénylet után imádkozott támadójáért, akinek addigra megbocsátott. Ezt később személyesen is elmondta neki, amikor meglátogatta börtönében. II. János Pál úgy vélte, hogy a Szűz segítségével élte túl a merényletet. A merénylet első évfordulóján, majd a 2000-es évforduló idején is személyesen ellátogatott Fatimába, hálát adni. A merénylő egy török férfi, Mehmet Ali Agca volt, akit valószínűleg a bolgár titkosszolgálaton keresztül a szovjet KGB bérelt fel. Az indíték egyértelműen soha nem derült ki, de a kommunista titkosszolgálatokat vélhetően irritálta vasfüggöny mögül érkezett, és a Szolidaritás mellett kiálló pápa.
A következő évben lankadatlan energiával folytatta utazásait és találkozóit a nem katolikus vezetőkkel. Ismét afrikai körutat tett, találkozott a görög miniszterelnökkel, akinek országában az erősen pápa-ellenes ortodox kereszténység hatalmas befolyással bír, és közösen celebrált misét az anglikán egyház fejével, a canterbury érsekkel. Fogadta Jasszer Arafatot, és a falklandi háború alatt Argentínában imádkozott a békéért.
A nyolcvanas évek elején további fontos gesztusokat tett: üdvözlő levelet írt az evangélikus egyháznak Luther Márton születésének 500. évfordulóján, szentté avatott két lengyelt, akik a zsidók deportálása ellen tiltakozva vállalták a halált Auschwitzban, fellépett a kínai katolikusok üldöztetése ellen, és ismét bejárta a világot Guatemalától Thaiföldig, Kanadától Elefántcsontpartig.
1985-ben az első szovjet-amerikai csúcstalálkozón békülést kérő üzenettel fordult a világ két legbefolyásosabb, és nem katolikus vezetőjéhez, Ronald Reagenhez és Mihail Gorbacsovhoz. Ellátogatott Indiába, Bangladesbe, HIV pozitív betegekkel találkozott San Franciscoban és fogadta Jaruzelski tábornokot, a lengyel diktátort is. 1987-ben történelmi találkozón közös nyilatkozott írt alá a konstantinápolyi pátriárkával, majdnem ezer évvel azután, hogy elődjeik kölcsönösen kiátkozták egymást.
1988-ban először hozták nyilvánosságra a pápai állam költségvetését, ekkor az 1986-os adatok váltak elérhetővé. Ekkor a pápa már évek óta dolgozott a Vatikán pénzügyi irányításának megreformálásán és átláthatóbbá tételén. Ekkor kezdett megpróbálni békülni az orosz ortodox egyházzal is, kezdetként üdvözölte a keleti kereszténység felvételének ezredik évfordulóját. Később követeket is küldött Moszkvába, de sok kísérlete ellenére soha nem tudta rávenni a moszkvai pátriárkát, hogy személyesen is találkozzanak. Az orosz ortodoxok elzárkózásának az volt a hivatalos indoka, hogy az ortodoxok szerint Róma térítő munkát végez Nyugat-Ukrajnában, megpróbálva kiterjeszteni a pápához hű görög katolikus egyház hatalmát.
A kelet-európai változásokat üdvözölve sorra vette fel a Vatikán a diplomáciai kapcsolatokat a volt kommunista államokkal, miközben a pápa nem feledkezett meg szokásos afrikai, dél-amerikai és ázsiai utazásairól sem. Határozottan felemelte a szavát az öböl háború ellen. Pápasága 52. utazásán 1991-ben Magyarországra is ellátogatott, ekkor járt először hazánkban hivatalban lévő pápa. Alig egy hónap múlva Albániában, néhány hét múlva pedig már Brazíliában volt. Elsők között ismerte el a Vatikán Szlovénia, Horvátország és Ukrajna függetlenségét.
1992-ben kezdődött a pápa betegeskedése, de nem lassított munkatempóján. Még ebben az évben elismerte, hogy a ptolemaioszi világkép meghaladott, és Galileinek volt igaza, amikor a katolikus egyház tanai visszavonását követelte a tudós életéért cserébe. Többször kérte megbékélésre a balkáni háborús feleket és 1993-ra végiglátogatta szinte az összes volt kommunista országot. Felvette a kapcsolatot Izraellel, több közel-keleti muzulmán országgal és a demokratizálódó Dél-Afrikával is. 1994-ben történelmi találkozón fogadta az izraeli miniszterelnököt. 1995-ben egy ENSZ konferencián a pápa küldöttségét egy nő vezette, először fordult elő ilyen a pápaság történetében. 1997-ben 73. útja ismét Magyarországra vezetett, akkor a pannonhalmi apátság alapításának 1000. évfordulójára érkezett. Néhány hónappal később találkozott az egyik utolsó kommunista vezetővel, a kubai Fidel Castroval is.
1997-ben meglátogatta a szétbombázott Szarajevót és közös nyilatkozatot írt alá az örmény egyház fejével. Ebben az évben avatta boldoggá az első cigány származású embert az egyház történetében. 1999-ban sokadik történelmi találkozóján az iráni elnököt fogadta, aki egy síita vallási kormányt képviselt. Ebben az évben felemelte a szavát a koszovói háború ellen és ellátogatott a többségében ortodox vallású Romániába.
Az ezredforduló alkalmából tartott ünnepségeken börtönben lévőkkel, hajléktalanokkal, családokkal és fiatalokkal is együtt ünnepelt. 2001-ben két nem katolikus volt szovjet tagköztársaságba, Ukrajnába és Kazahsztánba is ellátogatott és szentté avatta egy házaspár mindkét tagját, ez is először fordult elő a történelemben. Ebben az évben küldte el első hivatalos üzenetét e-mailen keresztül. Az utóbbi években felemelte a szavát az iraki és az afganisztáni háború ellen, fogadta az iraki ideiglenes miniszterelnököt és felszólította Izraelt, hogy ne építse fel a palesztin területeket elválasztó falat.
Az utóbbi néhány évben kevesebbet utazott, de diplomáciai aktivitásáról és szokásos szerdai audenciáiról nem mondott le. Évek óta többször jelentek meg pletykák, hogy visszavonulna, de a híreket a Szentszék mindig határozottan cáfolta. II. János Pál a történelem egyik legaktívabb pápája volt. Uralkodása alatt az egyház sikeresen térített Afrikában és Ázsiában, de csökkent az aktívan templomba járó katolikusok száma Európában.
Magyari Péter