A pápa temetése péntek délelőtt tíz órakor kezdődött a római Szent Péter-bazilikában. Addigra lezárták a templomot a ravatalhoz járuló zarándokok elől. A szertartás azzal kezdődött, hogy Piero Marini, Vatikán ceremóniamestere és II. János Pál személyi titkára egy fehér lepellel letakarta a pápa arcát, ezt a televíziók még nem közvetíthették. Teste mellé helyezték vörös köpenyét; egy ólomhengert, amibe az életrajzával teleírt papirost raktak; és a lábához tettek egy kis zacskó érmét abból a sorozatból, amit pápává koronázásakor vertek a Vatikánban. Végül imádkozás közben szentelt vizet hintettek testére, majd letakarták a koporsót. A térre a lezárt ciprusfa koporsót vitték ki.
A szentmisét Joseph Ratzinger német bíboros celebrálta. Ő a bíborosok dékánja, vagyis a pápaválasztó testület elöljárója is. Ratzinger mellett állt több főpap is, többek között a keleti kereszténység pátriárkái. Ratzingerrel szemben a főoltár előtti lépcsőn foglaltak helyet a világi vezetők. Több mint száz ország állam- és kormányfője ült itt. A bíborosok mögöttük, a templom apszisánál ültek.
A temetési mise rendje hasonlított egy átlagos gyászmisére, de jóval hosszabb volt, háromórás. Hosszabbak voltak a zenei részek is, több kórusmű felcsendült. A szentlecke idején felolvastak az Ó- és az Újszövetségből is. Bizonyos részeket egymás után több nyelven is elmondtak, a latin mellett angolul, spanyolul, lengyelül, portugálul és szuahéliül is elhangzottak a legfontosabb mondatok.
A mise után a pápa koporsóját az altemplomban temették el. II. János Pál hármas koporsóba került. A holttest egy ciprusfából készült koporsóban nyugszik, amit egy cinkkoporsóba helyeztek, ezt egy diófa koporsó védi. II. János Pál ugyanazt a sírhelyet kapta, ahová XXIII. Jánost helyezték 1978-ban. A sírhely 2001-ben szabadult fel, ugyanis II. János Pál abban az évben szentté avatta elődjét. A szentté avatottak sírjai pedig a bazilika főemeletén vannak. Sok egyházi ember már most bizonyos benne, hogy néhány év múlva II. János Pált is felviszik a szentek közé. A mostani sírhelye mellett további 146 pápa nyugszik.
A háromórás temetést Róma-szerte 27 óriás kivetítőn lehetett követni.