A szavazatok 44,34 százalékával alulmaradt riválisa, Marc Ravalomanana, aki egykor szintén a szigetország elnöke volt, választási csalásról beszélt.
A madagaszkári alkotmánybíróságnak kilenc napja van az előzetes választási eredmények megerősítésére.
A választási részvétel 48 százalékos volt a december 19-i második fordulóban. Az elnökválasztás első fordulóját november 7-én tartották. Hery Rajaonarimampianina, a 2014-től 2018 szeptemberéig hivatalban lévő államfő nem jutott be a második fordulóba. Rajoelina és Ravalomanana az országban 2009 óta tartó válság két főszereplője. Mindketten úgy nyilatkoztak korábban, hogy elfogadják a voksolás eredményét, ami megfigyelők szerint felcsillantja a reményt, hogy a közel egy évtizede tartó politikai káoszból kilábal az ország.
Rajoelina jelen volt az előzetes eredmények kihirdetésénél ellentétben Ravalomananával.
A 2002 és 2009 között hivatalban lévő, korrupciós botrányba keveredett Ravalomananát széleskörű tömegtüntetéseket követően, a főváros Antananarivo akkori polgármestere, Rajoelina buktatta meg a hadsereg segítségével.
A nemzetközi közösség a puccsot követően megvonta a Madagaszkárnak szánt támogatásokat.
Rajoelina 2014-ig volt hivatalban. A 25 millió lakosú Madagaszkár Afrika legszegényebb államai közé tartozik. Az ország lakosságának közel 80 százaléka a szegénységi küszöb alatt él.