Az Európai Parlamenten belüli korrupciós kitettség tekintetében komoly problémát jelent a képviselőknek járó általános költségtérítés intézménye is, amely a vonatkozó EP-iránymutatás szerint legelsősorban (képviselőnként) egy hivatalos iroda fenntartásának költségeit kell, hogy fedezze. Ugyanakkor a költségtérítéssel elszámolniuk nem kell, az abból fedezett kiadások kapcsán számlákat nem kérnek a képviselőktől.
Egy ezzel kapcsolatosan kirobbant korrupciós botrány Martin Schulz német szociáldemokrata politikus nevéhez fűződik, aki 1994-től 23 éven át volt európai parlamenti képviselő, és 2012-től 2017-ig az Európai Parlament elnöki tisztségét is viselte. Még 2017 tavaszán az Európai Parlament a 2015-ös pénzügyi év mentesítéséről szóló határozatának részeként két olyan személyi kérdést bírált, amelyekért Schulz EP-elnökként felelős volt, ezek közül az egyik EP-alkalmazott 20 ezer euró körüli külföldi munkavégzési támogatást vehetett fel, miközben korábban Berlinben végezte a tevékenységeit. Ő Martin Schulz bizalmasa volt, és később az SPD kampánymenedzsereként is dolgozott. Schulzot az ügyben azzal vádolták meg, hogy olyan EP-elnöki rendeletben írta alá közeli munkatársainak (minden bizonnyal teljesen szabálytalan) előléptetéseit, amelyek az ő távozása után is anyagilag előnyös pozíciókat biztosítottak volna számukra. Az ügy jól rámutat a rendszersajátosságra, vagyis arra a gyakorlatra, hogy az Európai Parlamenten belül viselt hatalmi pozíciókat kisebb-nagyobb értékű pénzügyi visszaélésekhez is fel lehet használni.
Egy másik igen botrányos eset: az Európai Néppárt EP-képviselőcsoportjának szintén német vezetője, Manfred Weber 2019-es sajtóinformációk szerint bérlési támogatásként havi 4332 euróhoz, azaz hozzávetőleg egymillió 800 ezer forinthoz jutott, miközben a bajorországi (wilderbergi) családi házát jelölte ki pártirodaként, vagyis a költségtérítés jelentős hányadát valójában megtarthatta. Így a 2004-től 2019-ig számított tizenöt képviselői év, azaz 180 hónap alatt – a havi térítés felét számítva bérleti költségként – mai árfolyamon mintegy 155 millió forintnak megfelelő összeghez juthatott jogosulatlanul a néppárti frakcióvezető.
A kínos ügyek a frakciók szintjét is elérték: 2019-ben a Le Monde és France 2 nevű médiumok feltárták, hogy az Európai Parlament liberális és demokrata frakciója (ALDE) 2014 után 425 ezer eurót (480 ezer dollárt) fogadott el a Google, a Microsoft és a Bayer nevű nagyvállalatoktól ahhoz, hogy az évente megtartandó konferenciáit finanszírozza. Ez gyakorlatilag a liberális kampány pénzelését is jelentette, amely szponzorálási mód a feltáró anyag szerint Franciaországban és több más európai országban is törvénytelen lett volna.
Az említett példák alapján látható, hogy a nem kellő pénzügyi átláthatóság révén sajnos nyílik tér a visszaélések lehetőségéhez, miközben a növekvő javadalmazású EP-képviselőknek nem kell szigorú módon elszámolniuk a költségeikkel, illetve kiadásaikkal. 2009 előtt a tagállamok EP képviselői ugyanazt a fizetést kapták, mint az adott nemzeti parlamenti képviselők. 2009-től azonban – több éves próbálkozás után – egy új tagi statútum minden képviselő számára (legyen például akár holland, akár szlovák) egyenlő összegű havi fizetést biztosított, 2016-ban már fejenként 8484,05 eurót, amely ugyanakkor uniós szinten adóköteles, és nemzeti szinten is adóztatható. Emellett az Európai Parlament képviselői 63 esztendős koruktól jogosultak az EP által folyósított nyugdíjra, továbbá – már előbb említetten – irodai és napidíj, valamint utazási költségtérítést is kapnak.
Az uniós intézményrendszerben folytatott lobbizási tevékenységeknél a jobb átláthatóság megteremtéséhez alapvető feltételt jelentenek a könnyen hozzáférhető reálisinformációk és tények, és ez tudná erősíteni a közösségi döntések, projektek és döntéshozatali folyamatok elszámoltathatóságába vetett polgári bizalmat is. Ehhez kapcsolódóan azonban az uniós politikai intézményrendszer, illetve közigazgatás szereplői és az állampolgárok közötti nyílt kommunikáció, és a hatékony polgári részvétel eszménye sem valósulhatott meg.