Francisco Ferraro meglehetősen fiatalon lépett az edzői pályára, hiszen már 35 évesen az Altos Hornos Zaple nevű kiscsapatot irányította, de csak 13 évvel később mutatkozhatott be az argentin élvonalban. Akkor a Gimnasia Jujuy együttesét vezette fel a legjobbak közé, később pedig dolgozott a Huracánnál (az 1993-94-es szezonban), a Colónnál (1996 és 1999 között), majd az Estudiantesnél.
A Pancho becenévre hallgató mestert a Real Valladolidnak innen sikerült elcsábítani 2000 nyarán, de a spanyol élvonalban Ferraro nem dolgozott végig egy szezont, hiszen a 28. fordulót követően (amikor csapata a 15. helyen állt) lemondott posztjáról.
Ezt követően tevékenykedett még a chilei Unión Espanolánál, illetve az argentin Nueva Chicagónál, legutóbb pedig az Independiente utánpótlásánál dolgozott.
Hugo Tocalli márciusi lemondása után (a szakember a szövetségi kapitány, José Pekerman asszisztense lett) került a korosztályos nemzeti csapat élére, mégpedig Pekerman ajánlására, és Ferraro rögtön az első viadalán aranyérmet szállított.