Nem mondhatni, hogy nyugodtan kezdődött volna a 2006-os év a magyar futballban, Bodnár László Salzburgba igazolása még nem váltott ki különösen heves érzelmeket, az már inkább, amikor Horváth Cs. Attila és Nemes Ferenc lemondott elnökségi tagságáról, és ezzel működésképtelenné vált az MLSZ vezető testülete. Bozóky Imre mandátuma is megszűnt a szövetség elnökeként, és mivel a kapitány sorsáról csak az elnökség dönthet, így az is eldőlt, hogy február végéig nem lesz vezetője nemzeti csapatunknak. Január 7-én tragikus hírt közöltek a hírügynökségek, életének 32. évében tragikus hirtelenséggel elhunyt Cipruson Zavadszky Gábor, a magyar labdarúgó-válogatott korábbi középpályása.
A korábbi 50-szeres válogatott Bognár Györgynek a bíróságon volt jelenése, ahol öt év próbaidőre felfüggesztették az első fokon kiszabott, két év letöltendő szabadságvesztéssel járó büntetetését. Bognárt a Matáv Sopron edzőjeként több mint 10 millió forintos károkozásért jelentették fel, majd az ügyet kétrendbeli sikkasztás, egyrendbeli magánokirat-hamisítás és csalás vádjával adták át az ügyészségnek. A Ferencváros sem számított a nyugalom szigetének, január végén raádásul már elnöke sem volt a klubnak, igaz, Furulyás János távozása miatt nem dőltek kardjukba a zöld-fehér hívek.
Február különösen szomorú hónapja volt az idei évnek, az olimpiai bajnok Dalnoki Jenőt, a szintén ötkarikás játékokon aranyérmes Bene Ferencet, és a fiatal, mindössze 24 éves Bánka Kristófot gyászolta a magyar futballtársadalom. A szokásos téli teremtornát Debrecenben rendezték öt csapat részvételével, a REAC nyert, de a játékosok nem tudtak örülni a győzelemnek, mert az utolsó mérkőzés előtt érkezett a korábban Rákospalotán is megforduló Bánka halálhíre.
Sopronban legalább volt min mosolyogni, az legalábbis komédiába illő, ami a hűség városában zajlott le, két hét alatt ugyanis négy edző is megfordult a csapat kispadján, Selymes Tibort előbb Nagy Tamás váltotta, majd mivel az új tréner nem volt hajlandó hazaküldeni az edzőtáborból az egyik játékost, így Vizer L. Marius útilaput kötött a talpára, majd kinevezte László Csabát, akivel viszont a tulajdonosi körnek volt baja a 2005-ös, balhés kupadöntőn bemutatott viselkedése miatt, így a befutó az olasz Dario Bonetti lett. Az átigazolási időszak nem hozott nagy szenzációt, de arra azért sokan felkapták a fejüket, amikor a saját bevallása szerint zöldvérű Szűcs Lajos elhagyta a Ferencvárost, és a kiesőjelölt Pápához igazolt, a zöld-fehérek új elnöke egyébként Ináncsy Miklós lett, aki elődjéhez hasonlóan az FTC Rt. első embere is volt.
Február 27-én arra is fény derült, hogy Kisteleki István lesz a MLSZ új vezére, aki Pellady Pétert utasította maga mögé a szavazáson, sokan szívesen a jelöltek között látták volna Csányi Sándort, az OTP elnök-vezérigazgatóját is, ő azonban nem kívánt élni a kínálkozó lehetőséggel. Olyannyira nem, hogy egy ideje az utánpótlásnak folyósított pénz is elapadt, az OTP a MOL-lal egyetértésben úgy döntött, hogy "a magyar futball irányításában tapasztalható bizonytalan állapotok miatt" felfüggeszti az UEFA által Európa legértékesebb utánpótlás-nevelési programjának ítélt Bozsik Labdarúgó Akadémia támogatását. Az új vezetés személyi változásokkal járt a szövetség több területén, a bírók főnőke Vágner László lett Puhl Sándor helyett, az edzőképzés irányítása Mezey György kezéből Bicskei Bertalanhoz került, Berzi Sándor pedig a főtitkári posztot elhagyva nemzetközi igazgató lett.
Közben a tavaszi idény is elrajtolt a Borsodi Ligában, a bajnok Debrecen egyből vereséggel nyitott, a listavezető Újpestnek ellenben még az is belefért, hogy a végén kiengedjen a Diósgyőr ellen. Folytatódott a hármas versenyfutás az Újpest, a Fehérvár és a Debrecen között, amit tovább "szinesített", hogy több csapat - köztük a Loki is - óvást nyújtott be az Újpest ellen, amiért pályára lépett Füzi Ákos, akit még a Nagyszombat elleni edzőmeccsen állítottak ki, de a Liga végül elutasította az óvást .
A leváltott edzők mellett egy játékvezetőnek sem sikerült bfejeznie a tavaszi szezont, Saskőy Szabolcsot egy csempészbanda tagjaként őrizetbe vette a rendőrség, amiért Vágner László azonnali hatállyal kizárta a keretből. Giuseppe Signori jóval egyszerűbb ok miatt hagyta el a Sopront, az olasz sztár folyamatos sérülései miatt döntött úgy, hogy hazatér. A Magyar Kupa döntőjében a Fehérvár és a Vasas vívott nagy csatát, végül büntetőkkel a Fejér megyeiek írtak sporttörténelmet, először vihették haza a serleget. Kuttorék a bajnokság végeredményébe is beleszóltak, az utolsó fordulóban a Puskás-stadionban páholták el a két kiállítással sújtott Újpestet (azért nem a Szusza-stadionban volt a meccs, mert az MTK elleni vereség után pár lila-fehér drukker berohant a pályára, egyikük megütötte Bede Ferenc játékvezetőt, egy másik meglökte őt, egy harmadik pedig megkergette Kanta Józsefet, a vendégek csatárát, amiért elsőfokon fél évre betiltották a Megyeri út pályát), ezzel magukat bronz-, a 22. fordulótól kezdve hibátlanul menetelő Debrecent pedig aranyéremhez segítették .
Sándor Tamásék csak itthon ünnepelhettek, a BL-ben hamar elszálltak
A Pápa és a Vasas elbúcsúzott az élvonaltól, az angyalföldiek az Újpesttől menesztett Mészöly Gézával kezdték meg a felkészülést az NB II-re, a lilák edzője Bicskei Bertalan lett, aki bizonyára nem bánkódott, amikor meghallotta, hogy a liechtensteini Vaduz lesz az ellenfél az UEFA-kupa selejtezőjében. A Debrecen és a Fehérvár sem panaszkodhatott, előbbi a BL-selejtezőben a macedón Rabotnickit, utóbbi az UEFA-kupában a kazah Kajrat Almatit kapta. Az Intertotó-kupában a Sopron a török Kayserisporral viaskodott, de a hazai döntetlen után a visszavágón 1-0-ra kikapott , és ezzel búcsúzott a sorozattól.
2006 legjobb magyar labdarúgója, Huszti Szabolcs a nyáron otthagyta a francia Metzet a német Hannover kedvéért, hogy nem döntött rosszul, azt a mondat eleji titulus bizonyítja, László Csaba is új kihívásokat keresett, és az ugandai válogatottnál vállalt munkát. Az év egyik legjobban várt eseménye a 2012-es Európa-bajnokság helyszínének kihirdetése volt, május végén a magyar küldöttség leadta a horvátokkal közös pályázati anyagot, ami sokak szerint favorittá lépett elő, mert az olaszokra nem vetett jó fényt a bundabotrány.
Négy nappal a világbajnokság után visszazökkenhettünk a magyar valóságba, amikor a Vaduz a Megyeri úton tartott focisulit az Újpestnek az UEFA-kupa selejtezőjében (Bicskei Bertalan első meccse egyben az utolsó is volt a IV. kerületiek kispadján), a lilák a visszavágón sem tudtak csodát tenni, így azt is megértük, hogy egy liechtensteini csapat búcsúztatott egy magyar klubot a nemzetközi porondon. A többi csapatunkról sem lehet sok jót írni, a Debrecen a macedón Rabotnickivel szemben hasalt el a BL-selejtezőben (Supka Attila le is mondott a kiesés után), míg a Fehérvár ugyan ment egy kört az UEFA-kupában, de a Grasshoppers elleni párharc egyben a végállomást jelentette, azaz még az őszi fordulókig sem jutottak el az itthon erősnek tartott egyesületek.
Emellett eltörpült az a tény, hogy a Debrecen begyűjtötte a Szuperkupát, ugyanakkor az MTK fiataljai megmutatták, hogy van még fény az alagút végén, amikor két Bundesliga-csapat skalpjával gazdagodva tértek haza egy ausztriai tornáról. A nyár egyik slágertémája volt, a "ki indulhat az NB I-ben?" című szappanopera, aminek végén megtörtént, amire előzetesen számítani lehetett, de sokan mégsem fogadtak volna rá: kizárták az élvonalból a Ferencvárost, amely 1899 óta íródó története során először készülhetett a másodosztályra. Mivel a döntés három nappal a bajnokság rajta előtt született meg, így gyorsan beugró után kellett nézni, a Vasas vállalta is az indulást, és bár sokan leírták a piros-kékeket, fiatal csapatuk várakozáson felül szerepelt. Kispesten is rendeződtek a dolgok, a viharos Pini-éra után nyugalom költözött a XIX. kerületbe George F. Hemingway színrelépésével, és bár az ősszel gyengélkedett az ideiglenesen Csepelen játszó alakulat, tavasszal már a megszépült Bozsik-stadionban fogadhatja ellenfeleit a nagymúltú csapat.