A szabályoknak megfelelően az előző futam, azaz az Ausztrál Nagydíj győztese, Michael Schumacher kezdte az első időmérő edzést, a német hiba nélkül, jó tempóban ment körbe a pályán, 1:33.865-tel állította fel az alapidőt. Ennél a délelőtti szabadedzéseken jobbat ment.
Csapattársa, Barrichello sem hibázott, ennek ellenére a brazil 267 ezreddel lassabb volt, mint a hatszoros világbajnok. Alonso következett, a spanyol a második ellenőrző pontnál 29 ezreddel állt Schumacher mögött, a célban viszont 1:33.193-mat mutatott a stopper, ami a valaha futott leggyorsabb malajziai kör volt.
A williamses különítmény nem tudott az első helyek közelébe férkőzni, Ralf Schumacher másfél, Montoya 1,7 másodperccel autózott rosszabbat, mint Alonso.
Jenson Button Alonsót és a Ferrarikat nem, a Williamseket ellenben megverte, hogy aztán Trulli villantson. Az olasz az első szektorban még gyorsabb volt, mint csapattársa, a célba viszont 71 ezredes hátránnyal érkezett, így a második hely jutott neki.
David Coulthard jó kezdés után alaposan visszaesett, csupán ötödik lett, Szato meg kilencedik a BAR-ral (az első kanyart kicsit elrontotta). Fisichella nyolcadik helyre kormányozta be a Saubert, Montoyát megelőzve.
Christian Klien pályára gördülése előtt az aszfalt hőmérséklete 55 fokra kúszott fel, de nyilván nem ettől volt lassú a Jaguar: az osztrák utolsóként ért be. Sokáig azonban nem kellett itt szomorkodnia, érkezett ugyanis da Matta, s mindenkit alulmúlt. Panis valamivel jobb volt, Klient és csapattársát megelőzte.
Giorgio Pantano Jordanje nem volt hajlandó elindulni, az olasz így kimaradt (cserébe kezdhette a második időmérőt), helyette Massa robogott a pályára. A brazil köre jól indult, a vége azonban 11. hely lett.
Nick Heidfeldet nem "bojkottálta" a Jordan, de ettől még a német nem lelte túl sok örömét a körözésben. Már az első szektorban hat tizedes hátrányt szedett össze, amit aztán a célig három és fél másodpercre hízlalt. Gianmaria Bruni alaposan megszenvedett a Minardival (alig bírta a pályán tartani), hátránya öt és fél másodperc volt Alonsóhoz képest.
Hosszú unalom után Mark Webber végre mutatott valamit, két szektor után csak négy tized volt az ausztrál hátránya. A célba 1:34.016-os idővel érkezett, ami a negyedik helyhez volt elegendő. Csupán másfél másodpercet vert csapattársára, Klienre...
Baumgartner Zsolt már az első szektorban egy másodperces hátrányba került, Bruni ennél jobb volt. A második ellenőrző pontnál +4,087-et mutatott az óra (pedig látványos hibát nem követett el), a célban plusz hat és felet. Egy másodperccel kapott ki csapattársától.
Kimi Räikkönen volt az Ausztrál Nagydíj első kiesője, így a finn zárta az első időmérőt, az első szektorban 113 ezreddel gyorsabb is volt, mint Alonso. A második pontnál is előrébb tartott még egy ezreddel, a célba viszont 259 ezredes hátránnyal érkezett (köszönhetően az utolsó kanyarban elkövetett apróbb hibájának). Schumachert megelőzte, azaz a harmadik helyről várhatta a folytatást.
Az első időmérő végeredménye:
1. Alonso (spanyol, Renault) 1:33.193 (átlag: 214.123 km/ó)
2. Trulli (olasz, Renault) 1:33.264
3. Räikkönen (finn, McLaren-Mercedes) 1:33.452
4. M. Schumacher (német, Ferrari) 1:33.865
5. Webber (ausztrál, Jaguar-Cosworth) 1:34.016
6. Barrichello (brazil, Ferrari) 1:34.132
7. Coulthard (skót, McLaren-Mercedes) 1:34.321
8. Button (angol, BAR-Honda) 1:34.528
9. R. Schumacher (német, Williams-BMW) 1:34.777
10. Fisichella (olasz, Sauber-Petronas) 1:34.877
11. Montoya (kolumbiai, Williams-BMW) 1:34.941
12. Szato (japán, BAR-Honda) 1:34.971
13. Massa (brazil, Sauber-Petronas) 1:35.132
14. Panis (francia, Toyota) 1:35.247
15. Klien (osztrák, Jaguar-Cosworth) 1:35.618
16. da Matta (brazil, Toyota) 1:35.684
17. Heidfeld (német, Jordan-Ford) 1:36.769
18. Bruni (olasz, Minardi-Cosworth) 1:38.729
19. Baumgartner Zsolt (Minardi-Cosworth) 1:39.805
20. Pantano (olasz, Jordan-Ford), mért kör nélkül
