A számvevőszéki vizsgálat a legsúlyosabb hiányosságokat a környezetvédelmi célalap kezelésével megbízott Környezetfejlesztési Intézet (Köfi) működésében találta. Az 1999-ben létrehozott s két évvel később felszámolt intézet alapítását indokló előterjesztést az ellenőrzésnek nem tudták bemutatni. A Köfi tevékenysége során tapasztalt problémák - a döntések lassúsága, a szerződéskötések elhúzódása, az információk megbízhatatlansága - az alapítás nem kellő előkészítettségére utalnak - áll az ÁSZ jelentésében.
Több szabálytalanságra derült fény a környezetvédelmi célalapból (kac) történt kifizetések ellenőrzése során. A támogatások teljesítésének dokumentumai hiányoztak egyes esetekben, így nem lehetett igazolni, jogosan fizettek-e ki gyakran százmilliókat bizonyos programok, beruházások megvalósulására. A kifogások között szerepel a számítógépes nyilvántartás, a kac kezelési ügyrendjének hiánya, valamint, hogy gyakran nem ellenőrizték a kifizetett összegek felhasználását. A számvevők megállapítása szerint hiányos volt a kac működését szolgáló szabályozás.
A számvevők a környezetvédelmi tárca működésében is több kifogásolnivalót találtak. Negatívumként értékelték többek között a gyakori személycseréket, szervezeti változtatásokat, amelyek a vizsgált időszakban, 1997 és 2000 között hátráltatták a minisztérium hatékony működését, hozzájárulva a környezetvédelemmel kapcsolatos uniós kritikákhoz.