Amióta - a világbajnokság vége óta - Inaki Sáez a spanyol válogatott szakvezetője, Baraja kihagyhatatlan kulcsfigura az ibériai tizenegyből (augusztusban, a Puskás Ferenc-stadionban, az 1-1 alkalmával kisebb sérülése miatt nem játszhatott - a szerk.). Amikor tavasszal visszatért öthónapos térdsérülését követően, villámgyorsan helyet harcolt ki magának Rafa Benitez Valenciájában, s a vébére már biztos csapattagként utazhatott ki, jóllehet akkor még Camachónak hívták a szövetségi kapitányt.
A Valencia bajnoki címében oroszlánrészt vállalt a termetes középpályás, Vicentével és az argentin Aimarral afféle mágikus háromszöget alkotnak a pálya közepén. Tulajdonképpen Mendieta távozásával nyílt meg Baraja előtt a tér. Az előtt a Baraja előtt, aki két éve a klub történetének legdrágább játékosaként, 12,5 millió dollárért érkezett az Atlético Madridtól a Mestalla-stadionba.
A Filippo Inzaghihoz hasonlóan Pipo (de egy p-vel!) becenévre hallgató Baraja pályafutása hajnalán ide-oda pattogott az Albacete A és B csapata között, akár a ping-pong labda. Tizennyolc évesen mindjárt az első csapat keretébe került, aztán kilökték a "fakóba", onnan megint a nagyok közé vezetett az útja, s amikor az Atlético Madrid 1996-ban leszerződtette, megint éppen a tartalékban kergette a labdát.