A szezon rajtjánál a Villarreal CF szurkolói és valószínűleg a vezetőség is aláírta volna, ha valaki garantálja, hogy a csapat megismétli tavalyi produkcióját, azaz a nyolcadik helyen végez a bajnokságban, az UEFA-kupában pedig egészen az elődöntőig menetel. Sőt, minderre még januárban is volt esély, hiszen a sárga-kékek akkor hetedikek voltak a tabellán, és túlélték a csoportkört a nemzetközi porondon. Végül egyik sorozatban sem az elvártaknak megfelelően zárt a gárda, de csalódást csak az UEFA-kupában okozott, már persze ha egy negyeddöntőbeli kiesés kudarcnak számít.
A Dinamo Kijev és a Steaua Bucuresti kiverése után a holland AZ Alkmaaron ugyanis már nem tudtak túljutni Manuel Pellegrini mester tanítványai. Az idény egyik európai meglepetéscsapata a negyeddöntő első mérkőzésén 2-1-re nyerni tudott az El Madrigál-stadionban (a németalföldieken kívül az egész szezon folyamán egyedül az RC Deportivo tudta elvinni mindhárom pontot a Villarreal otthonából), Hollandiában pedig 1-1-es döntetlen született, így a spanyolok kiestek, amit egyértelműen kudarcként éltek meg a klub háza táján.
A bajnoki szereplést viszont egyáltalán nem, és ezen cseppet sem lehet csodálkozni: 2005-ben egészen parádésan szerepelt az együttes a Primera Divisiónban, és a szezon végén története legjobb eredményét produkálva, felállhatott a dobogó alsó fokára, egyben jogot szerezve a Bajnokok Ligája selejtezőjében való indulásra. A csapat szédületes tavaszi hadjárata már januárban megkezdődött: az új év első hónapjában lejátszott mind a négy bajnoki mérkőzést megnyerte a Villarreal!
A siker értékét tovább növeli, hogy az ellenfelek között szerepelt a későbbi bajnok FC Barcelona és a tavalyi első Valencia CF is. Diego Forlán ezeken a találkozókon hatszor volt eredményes, összesen pedig már 12-nél tartott, amivel feljött a góllövőlista második helyére a barcás Samuel Eto'o mögé. A tavasz további részében ezt a tempót természetesen nem tudta tartani a gárda, de azért sokkal rosszabb teljesítményt nem nyújtottak a fiúk: hazai pályán kilenc mérkőzésük közül nyolcszor győztek, csupán egyszer játszottak döntetlent, és idegenben is csupán négyszer kaptak ki.
Ez a teljesítmény pedig egyre magasabbra repítette a csapatot a tabellán: olyannyira, hogy február végén már a harmadik helyen tanyázott a Pellegrini-alakulat, azaz reális esélye volt a BL-selejtező elérésére. Ezt a sanszot végül sikerült is megragadni: az utolsó tíz fordulóban mindössze két vereség csúszott be öt győzelem mellett, és a remek hajrának köszönhetően a Villarreal megszerezte a bronzérmet s vele a Bajnokok Ligája-indulás jogát.
A hihetetlen siker a szurkolók és a szakértők szerint is három ember, mégpedig három dél-amerikai érdeme: Pellegrini remek érzékkel rakta össze az együttest, amely egészen egyedülálló stílusban, ráadásul rendkívül eredményesen futballozott, és a semleges drukkerek nagy részének szimpátiáját kivívta.
Ki kell emelni a karmester, Juan Román Riquelme szerepét is, aki 15 gólja mellett legalább ennyi gólpasszt is jegyzett, és a csapatban érett igazi világklasszissá. Ez utóbbi kitétel igaz a harmadik "hősre", Diego Forlánra is, aki alaposan megmutatta a világnak (és Sir Alex Fergusonnak), hogy többet tud annál, mint amennyit a Manchester Unitedben láthattunk tőle. Összesen 25 gólt szerzett a bajnokságban, és ezzel ő lett a Primera División 2004-2005-ös idényének gólkirálya!
A klubvezetés tehát meglehetősen nehéz év elé néz: ezt a teljesítményt nem lesz könnyű megismételni, felülmúlni pedig szinte a csodával lenne határos. Ráadásul a Bajnokok Ligája (már ha bejut a csapat a csoportkörbe, de ennek ellenkezőjére gondolni sem mernek az egyesületnél) alaposan meg fogja növelni a játékosokra jutó terhelést, kérdés, hogyan viseli ezt majd a csapat.
Az erősítések mindenesetre már megkezdődtek: a legnagyobb fogás Riquelme megtartása volt. Az argentint ugyanis nagyon csábította az Atlético Madrid, melynek új edzője az a Carlos Bianchi lett, aki korábban háromszor nyert Libertadores-kupát a Riquelme vezérelte Boca Juniorsszal, de az irányító végül úgy döntött, marad a sárgáknál, és újabb négy évre aláírt a Villarrealhoz.