Azt nem lehet mondani, hogy Lothar Matthäus lenne az ideális férj megtestesítője. A német sztár immáron harmadik feleségével él együtt, korábbi kapcsolataiból három gyermeke született.
Első felesége, Sylvia 11 évig állt mellette, a fiatalkori szerelem gyümölcse két lány, Alisa (1986) és Viola (1988) lett, akikkel Lothar mind a mai napig kifejezetten jó kapcsolatot ápol.
Következő nejét, a svájci televíziós személyiség Lolita Morenát 1992-ben ismerte meg, s 1994-ben vezette oltár elé. Kapcsolatuk öt évig tartott, 1999-ben határoztak a válás mellett. Kettejük kapcsolata a mai napig baráti, fiúk, Loris Svájcban él édesanyjával, de sok időt tölt együtt édesapjával.
1999 és 2001 között a Bayern München csapatorvosának, Hans-Wilhelm Müller-Wohlfahrt lányával, a nála 17 évvel fiatalabb, szexi Marennel élt együtt (ez a kapcsolat nem jutott el a házasságig), akit a bajor fővárosban ismert meg és vitt magával rövid New York-i kitérőjére is. A 23 éves művészettörténész-hallgató hiába szeretett volna gyereket Lothartól, ráadásul családja is ellenezte a kapcsolatot.
Matthäus jelenlegi feleségével, a 32 éves Marijana Kosticcsal november 28-án esküdött örök hűséget. A szerbiai milliárdos, Milorad Kostic exneje három gyerek édesanyja, korábban Budapesten élt és dolgozott üzletasszonyként, ám éppen a napokban költözött haza s alakíttatta át belgrádi lakásukat, gyerekei pedig január 1-től be voltak íratva egy belgrádi iskolába.