Miután 2000 novemberében visszavonult az aktív labdarúgástól, Lothar Matthäus azonnal jelezte, szívesen kipróbálná magát edzőként is. Papírok nélkül ugyan, de máris ajánlkozott a Bayern München vagy a válogatott élére, ám egyik terve sem jött össze. Utóbbi már csak azért sem, mert melyik az a klub, amely alkalmazna olyan szakembert, aki bíróságon támadja az együttest? (Lothar azt sérelmezte, az egyesület nem számolt el rendesen a 2000. május 26-án rendezett búcsúmérkőzésének bevételével, s még 500 ezer euróra igényt tart.)
Bár eleinte az Eintracht Frankfurttal és az 1860 Münchennel hozták szóba, végül 2001. szeptember 6-án az osztrák Rapid Wien bejelentette, Ernst Dokupil helyére Matthäus érkezik, akivel a klub kétéves szerződést kötött. A tréner érkeztéhez nagy reményeket fűztek a fővárosban, ám a csapat fennállása egyik leggyengébb szezonját produkálta, így a német szakembert nyolc hónapnyi munka, 244 nap után elküldték a csapattól. Hogy a pénz se maradjon ki: a klub 400 ezer eurós kártérítést fizetett neki.
Az osztrák munka még egy szempontból botrányos Matthäus életében, a játékospályafutása során mindig fair játékosként ismert klasszis 2001. október 13-án, az SV Salzburg elleni mérkőzésen nem bírta elviselni, hogy holland játékosát, Gaston Taumentet csúnyán felrúgta a hondurasi Maynor Suazo, s a kiállított játékost "néger disznónak" nevezte...
Néhány hónapos pauzát követően meglepetésre a Partizan Beograd együttese jelentkezett, s a menesztett legenda, Ljubisa Tumbakovic helyére Matthäust szerződtette. A szerb klubnál úgy vélték, komoly nemzetközi hírű trénerre van szükség, még az sem riasztotta el a vezetőket, hogy Lothar addigi egyetlen edzői próbálkozása sikertelen volt. 2002. december 22-én Matthäus aláírta másfél évre szóló, 750 eurós szerződését, s a "rutintalan" szakember, aki tegyük hozzá, kilencpontos előnynél vette át a csapat irányítását, végül bajnoki aranyhoz segítette a Partizant.
A Bajnokok Ligája nyári selejtezőiben aztán meglepetésre a szerb együttes a Newcastle United együttesét Angliában, büntetőkkel kiverve bejutott a csoportküzdelmekbe, ez a bravúr korábban sohasem sikerült déli szomszédunknak. A tréner szeptember 22-én meg is hosszabbította szerződését 2005-ig, azaz semmilyen jel nem utalt arra, hogy elhagyná a klubot.
Korábban persze már felröppent egy pletyka: júliusban ugyanis Lothar elszólta magát a német Bild újságnak, miszerint az MLSZ vezetői azt szeretnék, hogy ő legyen a magyar labdarúgó-válogatott szövetségi kapitánya. A klasszis úgy nyilatkozott, háromszor is találkozott és tárgyalt a magyar illetékesekkel, de nem döntött még. A magyar vezetők cáfoltak, meglepetésre Gellei Imre lemondása után mégis a német lett a kapitány. Ázsiója felment, munkája már egymillió eurót ér egyes német források szerint.
Matthäus közben elbúcsúzott Belgrádtól, játékosaitól és a szurkolóktól. "Sosem felejtem el az itt töltött időt. Az idei év nem csak a sport tekintetében volt sikeres számomra. Belgrádban sok barátot szereztem, az ország tárt karokkal fogadott. Ilyen vendégszeretettel sehol sem találkoztam, ezért az egész népnek köszönetet mondok" - nyilatkozta a klub hivatalos honlapján.
"A futball már csak ilyen. Jönnek és mennek az emberek. Nem kérnék bocsánatot, mindig is őszinte voltam. A végleges döntést csak tegnap reggel hoztam meg, ezért nem tudtam róla nyilatkozni korábban. Megértésüket kérem" - mondta, s megerősítette, hogy már három hete tárgyalt a Magyar Labdarúgó Szövetség vezetőivel, de nem akart ezzel előhozakodni a nyilvánosság előtt, mert a csapat két fontos meccs előtt állt: a Bajnokok Ligájában az Olympique Marseille-jel és a szerb-montenegrói bajnokságban a Zeleznikkel.
Az új kapitány célja, hogy a magyar válogatott kiharcolja a 2006-os világbajnokságon való szereplés jogát. "Itt sokan mosolyognak ezen, de kemény munkával a futballban minden lehetséges" - szögezte le Matthäus. Megjegyezte, hogy nem az MLSZ ajánlata volt az egyetlen, s 8-9 klubbal is tárgyalt.