A szezon hátralévő részében mindössze négy meccsen lépett pályára, azokon sem volt eredményes, és Arsene Wenger valószínűleg a következő idényben is csak kiegészítő emberként számított volna rá, ám az Ágyúsokat sújtó sérüléshullám miatt Anelka a vártnál hamarabb a kezdő csapat tagja lett.
Első angliai találatát nem akármilyen mérkőzésen szerezte: 1997. november 9-én a Manchester United ellen már a kilencedik percben beköszönt, jelentősen hozzájárulva a bajnokcsapat 3-2-es legyőzéséhez.
A pontvadászatot végül hat góllal zárta, és teljesítménye megkoronázásaképpen az FA-kupa-döntőben is betalált. Sikerült dupláznia tehát az Ágyúsokkal, ám ennek ellenére nem lehetett teljesen elégedett, hiszen bár menet közben már bekerült a francia válogatottba, a világbajnokságra mégsem utazhatott el. Noha ott volt az előzetesen kijelölt 28-as keretben, a szűkítésnél kikerült a csapatból.
Góllal járult hozzá az Arsenal 98-as FA-kupa győzelméhez
A rossz periódus ráadásul folytatódott, hiszen az 1998-99-es szezon előtt például nyilvánosan panaszkodott amiatt, hogy kisebb fizetést kap, mint pár, általa kevésbé elismert játékos az Arsenalnál, majd pedig néhány fordulóval a bajnokság megkezdése után azzal vádolta holland csapattársait, Marc Overmarst és Dennis Bergkampot, hogy nem szívesen passzolnak neki, inkább egymást játsszák meg a labdákkal.
Ekkor azonban még "észhez tért" (amihez persze az is hozzájárulhatott, hogy a klub megemelte fizetését), és futószalagon kezdte gyártani a gólokat. Különösen 1999 februárjában ment neki jól a játék, a bajnokságban ötször volt eredményes (a Leicester Citynek mesterhármast vágott), nemzeti színekben pedig a Wembleyben rúgott két gólt az angoloknak.
A futballon kívül azonban továbbra sem tetszett neki semmi Angliában, nem volt egyetlen barátja sem, és nagyon hiányzott neki Franciaország. Az angol sajtóból pedig különösen elege volt, véleménye szerint ugyanis az igyekezett őt rossz színben feltüntetni az Arsenal szurkolói előtt. Ennek ellenére nem kis meglepetést okozott, amikor a bajnokság végeztével kijelentette: mindenképpen távozni akar az Ágyúsoktól. Ezzel pedig az utóbbi évek egyik leghosszabb átigazolási "szappanoperája" vette kezdetét, amely több hónapon keresztül húzódott.
Petit, Desailly és Djorkaeff köszönti a Wembleyben szerzett duplája után
A két legkomolyabb kérő a Real Madrid és a Lazio volt, de azért az Olympique Marseille és a Juventus FC is képbe került, Anelka pedig csak egyvalamiben volt biztos: mégpedig abban, hogy Angliában nem lép pályára többet. Végül a madridiak hajlandóak voltak megadni az Arsenal által kért összeget, sőt 35 millió eurót ajánlottak a támadóért.
Lorenzo Sanz, a királyi gárda elnöke igen hamar megegyezett az Ágyúsokkal, akik bolondok lettek volna ennyi pénzt visszautasítani. És mivel Anelka is ezt a csapatot tartotta vágyai netovábbjának korábban, minden klappolni látszott.