Ez utóbbi pedig azért volt fontos, mert Podolski mindenképpen szeretett volna játszani a 2006-os világbajnokságon, amelynek főpróbája a németek számára az egy évvel korábban megrendezésre került Konföderációs-kupa volt.
A tornán Miroslav Klose sérülése miatt a kölni támadó a kezdő tizenegyben találta magát, és ha már ott volt, akkor remek játékkal bizonyította, hogy lehet rá számítani. Az első, Ausztrália elleni csoportmeccsen rögtön betalált, majd Tunézia ellen gólpasszt adott Schweinsteigernek, az elődöntőben Brazília kapuját vette be, és a harmadik helyért játszott összecsapáson Mexikó ellen is betalált.
Podolski a torna egyik nagy felfedezettjének számított, de a várakozással ellentétben továbbra is maradt Kölnben. A 2005-2006-os szezonban a Kecskések leginkább benne látták a bennmaradás zálogát, ám akárcsak két évvel korábban egy Podolski kevés volt ahhoz, hogy a kölniek megőrizzék élvonalbeli tagságukat. A még mindig utánpótlás-korú támadó tucatnyi gólja és nyolc gólpassza nem volt elég ahhoz, hogy benntartsa a klubot legjobbak között, és ezzel egyben az is eldőlt, hogy a csatár elhagyja a gárdát. Arra is hamar fény derült, hogy hová igazol: alig ért véget a pontvadászat, a Bayern München bejelentette, hogy közel tízmillió euróért megszerezte Podolskit.
Müncheni bemutatkozása előtt azonban még egy nagyon fontos feladat állt előtte, hiszen Jürgen Klinsmann kulcsszerepet szánt neki a világbajnokságon. A Costa Rica elleni nyitómeccs Miroslav Klose jutalomjátékát hozta, Podolski pocsékul futballozott, és a következő, Lengyelország elleni összecsapáson is csak a helyzetek kihagyásában jeleskedett, bár ekkor már jobban ment neki a játék.
A harmadik találkozón, az ecuadoriak ellen aztán megtört a jég, és Bernd Schneider elronthatatlan átadását Podolski gólra váltotta. A svédek elleni nyolcaddöntőben kevesebb, mint negyedóra alatt kétszer is betalált (mindkétszer Klose átadásából) - ez a vébék történetében eddig mindössze két focistának sikerült rajta kívül. Az Argentína elleni negyeddöntő büntetőpárbajában magabiztosan értékesítette saját tizenegyesét, és az elődöntőben az olaszok ellen csapata egyik legjobbja volt, ám mindkét helyzetét elhibázta, így a vébédöntő csak álom maradt a számára. A bronzmeccsen megint gól nélkül maradt, de így is elmondhatta magáról, hogy a németek mindegyik összecsapásán a kezdő tizenegyben szerepelt, és ezt a FIFA is értékelte, hiszen ő kapta meg a vébé legjobb fiatal játékosának járó trófeát - olyan focistákat megelőzve, mint Cristiano Ronaldo vagy Lionel Messi.