A karrierje csúcspontját jelentő világbajnokság után azonban vissza kellett zökkennie a valóságba, és Münchenben újfajta helyzettel kellett szembenéznie.
Immár nem ő volt a csapat sztárja, mint Kölnben, hanem csak egy volt az együttes klasszisai közül, és nem is nagyon tudta beverekedni magát a kezdők közé - ráadásul sérülések is hátráltatták.
A 2006-2007-es pontvadászatban így csupán 22 bajnokin szerepelt, amelyből mindössze tucatnyi alkalommal volt a kezdő csapat tagja, és csak négy gólra futotta erejéből - ugyanannyira, mint a San Marino elleni Eb-selejtezőn még 2006 szeptemberében. A Nationalelfben mesternégyest rajta kívül eddig csak Gerd Müller és Michael Ballack ért el... A válogatottban szinte képtelen rosszul futballozni, az Európa-bajnokság kvalifikációs sorozatában eddig hétszer volt eredményes, és a Nationalelf örök góllövőlistáján 23 találattal a 15. pozíciót foglalja el - mindössze 22 esztendősen.
A Bayernben viszont továbbra is csak csere, sőt, még rosszabb a helyzete, mint a legutóbbi idényben, hiszen a klub a nyáron leigazolta Klosét és Luca Tonit, akik rendkívül eredményesen futballoznak. Podolski így a münchenieknél többnyire csak csereként kap játéklehetőséget, a bajnokságban eddig csak egyszer kezdett, és nem is tudott betalálni - bár az UEFA-kupában a Bolton Wanderers ellen duplázni tudott.
A jövő évi Európa-bajnokságig alighanem még marad a bajoroknál, ám ha helyzete nem változik, akkor az sem elképzelhetetlen, hogy távozik Münchenből - a Werder Bremen állítólag máris jelezte, hogy szívesen leigazolná.