A kudarc azonban nem törte le a támadót, aki a 2002-2003-as idényben is rendkívül eredményesen futballozott, annak ellenére, hogy Ronaldo szerződtetésével kissé visszavontabb szerepkörbe kényszerült klubjában.
A pontvadászatot 16 góllal zárta, a királyi gárda pedig ismét bajnok lett, és ez Raúl számára már a negyedik aranyérem volt - aligha gondolta, hogy ezt követően három szezonon keresztül semmilyen trófeát nem tud majd nyerni klubjával.
Pedig így történt, a Real Madrid fennállása egyik legsikertelenebb periódusát érte, és a "galaktikusok" gyengélkedését nagyon sokan összekötötték Raúl személyével. Tény, hogy miközben a támadó évről évre egyre kevesebb gólt szerzett, továbbra is alapember maradt mind klubjában, mind a válogatottban.
A nemzeti tizenegy színeiben a 2004-es Európa-bajnokságon egyetlen találatot sem ért el, a 2006-os világbajnokságon pedig gólt szerzett ugyan Tunézia ellen, de szerepeltetése miatt egyre több kritika érte mind a Real Madrid, mind a válogatott aktuális mesterét - annak ellenére, hogy menet közben címeres mezben sorra döntötte a rekordokat. Egyrészt ő lett a legtöbbszörös válogatott mezőnyjátékos, megelőzve Fernando Hierrót, akitől a válogatott örökös gólkirályi címét is elhódította.
A spanyolok szövetségi kapitánya, Luis Aragonés a 2006-os világbajnokságot követően egy ideig még meghívta őt a nemzeti tizenegybe, de a hispánok pocsékul rajtoltak az Eb-selejtezőkön, és az Észak-Írországban elszenvedett, 3-2-es vereséget követően a mester következetesen mellőzte a támadót. Ez eleinte érthető is volt, hiszen Raúl továbbra sem ontotta a gólokat a Realban, de a madridiak új trénere, az olasz Fabio Capello ennek ellenére maximálisan bízott benne, és a támadó nem is annyira játékával, hanem hozzáállásával vezéregyénisége lett a csapatnak, amely fantasztikus hajrát bemutatva 2007-ben háromévnyi szünet után végre megint bajnokságot tudott nyerni.
A 2007-2008-as idényben pedig Bernd Schuster irányítása alatt Raúl úgy futballozik, mint fénykorában: továbbra is élvezi az edző bizalmát, és ezt ismét gólokkal hálálja meg. A Primera Divisiónban 24 forduló alatt 11 alkalommal volt eredményes, vagyis már biztosan eredményesebb idényt zár, mint az előző három szezon bármelyikében, a Bajnokok Ligájában pedig hét találkozón négy gólig jutott. Utóbbi egyben azt jelenti, hogy mind a mérkőzések (114), mind a gólok (60) számát tekintve ő a csúcstartó a BL-ben.
Nem csoda, hogy a Real Madrid nemrégiben 2011-ig meghosszabbította szerződését, ami tulajdonképpen azt jelenti, hogy Raúl alighanem a királyi gárdából fog visszavonulni. És egyre inkább úgy tűnik, hogy a válogatott szakvezetője, Luis Aragonés is enged a közakaratnak: a minap ugyanis kijelentette, hogy Raúl is tagja annak a bővebb keretnek, akiket számításba vesz majd a nyári Európa-bajnokságra készülődve, és csak a támadó teljesítményén múlik, hogy ott lesz-e a kontinensviadalon. Márpedig Raúl formájára mostanában nem lehet panasz.