A rendkívül korai debütálás ellenére Agüero a következő hónapokban ismét a korosztályos gárdában szerepelt, és csak akkor került vissza a felnőttek közé, amikor 2004 elején José Omar Pastoriza vette át az Independiente irányítását. Kun második felnőtt mérkőzése az év februárjában a perui Cienciano elleni hazai Libertadores-kupa-találkozó volt - és ezzel megint rekordot állított fel, hiszen a legrangosabb dél-amerikai kupa legifjabb játékosa lett (azóta a bolíviai Diego Orlando Suárezé ez a titulus).
A bajnokságban a szezon hátralévő részében öt alkalommal vetették be, és a 18. fordulóban az Atlético Rafaela ellen, pályafutása során először, a kezdők között futhatott ki a pályára az élvonalban.
Pár hónappal később Agüero meghívót kapott az U16-os válogatottba, amely 2004 szeptemberében a korosztályos kontinensviadalon vett részt. Az Independiente ifjonca a nála két évvel idősebbek között is helytállt, hiszen két gólt ért el az U16-os Copa Américán, ahol az argentinok az elődöntőben estek ki. Ezt követően Kun már egyre több lehetőséget kapott klubjában, és lassan kezdte felvenni a bajnokság ritmusát.
Az apertura 17. fordulójában az Estudiantes ellen megszerezte első találatát a legjobbak között, majd egy hét múlva megint eredményes volt. A clausurában már három találatig jutott, az Argentinos Juniors ellen például duplázott, és a közvélemény is egyre inkább felfigyelt rá.
A hollandia világbajnokságra készülő U20-as válogatott szakvezetője, Francisco Ferraro is meghívta a keretbe a mindössze 17 esztendős támadót, akinek társai között szerepelt Fernando Gago, Pablo Zabaleta, Ezequiel Garay és Lionel Messi. A névsor alapján nem meglepő, hogy az argentinok megnyerték a tornát, és Agüerót négy mérkőzésen is becserélték - köztük a Nigéria elleni fináléban.