Márquez Michoacán tartomány székhelyén, Zamora városában született 1979. február 13-án, és 13 esztendős volt, amikor komolyabban elkezdett futballozni - ekkor került a guadalajarai Atlas ifjúsági csapatához. Az Atlas arról híres Mexikóban, hogy fennállása során csupán egyetlen trófeát tudott szerezni (a klub még 1950-ben nyert bajnokságot), ám ennek ellenére az egyik legnépszerűbb egyesület az országban, és kiváló utánpótlással rendelkezik.
Márqueznek sem kellett sok idő, hogy bemutatkozhasson a felnőttek között, még nem volt 18 esztendős, amikor először pályára léphetett az élvonalban. Első mérkőzését az UNAM ellen vívta hazai pályán, és olyan jó teljesítményt nyújtott a védelem tengelyében, hogy innentől kezdve kihagyhatatlan lett a kezdő tizenegyből. A bajnokság rájátszásában a Monterrey elleni hazai találkozón ráadásul két gólt is szerzett, és ezzel rögtön fel is hívta magára a figyelmet.
Ezzel együtt is meglepetést jelentett, hogy a nagyválogatott szövetségi kapitánya, Bora Milutinovic már 1997 februárjában meghívót küldött neki. Hamarosan aztán kiderült, hogy Milutinovic nem is őt, hanem klubtársát, César Márquez Verdínt szerette volna behívni az edzőtáborba, ám a két hasonló név miatt az ifjú titán utazott el a nemzeti csapathoz. Viszont ha már ott volt, Milutinovic megnézte, hogy mire is képes, és annyira elégedett volt az edzésen mutatott teljesítményével, hogy pályára küldte őt az Ecuador elleni barátságos mérkőzésen. Márquez így egy nappal a 18. születésnapja előtt bemutatkozhatott a címeres mezben - ennél szebb ajándékot aligha kaphatott volna.