A Bajnokok Ligája-főtáblájához hasonlóan a 2024-25-ös szezontól az Európa-liga lebonyolítása is megváltozik, ugyanis a csoportkört egy 36 csapatos alapszakasz váltja fel. A selejtezők végeztével együtteseket négy darab kilencfős kalapba osztották be, és a monacói Grimaldi Forumban tartott sorsolás során minden klub két-két ellenfelet kapott az egyes kalapokból, akik közül egy ellen hazai pályán, egy ellen pedig idegenben találkozik. A büntetőpárbaj után El-főtáblára jutó Ferencváros a második kalapba került, innen várhatta az ellenfeleket. A sorsolást Aritz Aduriz és Glenn Strömberg segítette.
A Fradin kívül két, magyar játékost foglalkoztató együttes szerepel az Európa-ligában: az Eintracht Frankfurt (Lisztes Krisztián és Fenyő Noah) és a Hoffenheim (Szalai Attila).
A párosítások közül kiemelkedik a Roma-Frankfurt, a Tottenham-Roma, a Lazio-Porto, illetve elsősorban José Mourinho személye miatt a Fenerbahce-Manchester United.
Az alapszakasz játéknapjai: szeptember 25-26., október 3., október 24., november 7., november 28., december 12., január 23. és január 30. A pontos menetrendet szombaton alakítják ki.
Az alapszakasz zárásakor kialakul egy nagy, 36-os tabella, ahonnan az első nyolc helyezett automatikusan nyolcaddöntőbe jut, a 9-24. helyezetteknek pedig februárban játszania kell a legjobb tizenhat közé kerülésért. Az Európa-liga fináléját 2025. május 21-én rendezik meg a spanyolországi Bilbaóban.