A karrierjét 2002-ben az olasz Acqua e Sapone–Cantina Tollo csapatban kezdő bringás 2014 és 2017 között már a mezőny egyik legjobb csapatában, az Astanában tekert. 2011-ben megnyerte a nagyon kemény Giro del Trentinót, a Katalán körversenyt, valamint a Tirreno-Adriaticót is, mielőtt másodikként zárt volna a Girón. Amit végül Alberto Contador kizárása után hivatalosan ő nyert meg.
A mezőnyben nagyon népszerű Scarponi 2017-ben lakóhelye, a marchei kisváros, Filottrano közelében tartott országúti edzést, amikor egy kisteherautó elgázolta. Az autó sofőrje ráadásul szintén filottranói volt, és jól ismerte Scarponit (egy hónappal a tragédia után egy betegség következtében ő is meghalt).
A keddi, Pescarából induló szakasz áthaladt Filottranón is, ami szinte rózsaszínben úszott, és több óriásmolinó is megemlékezett Scarponiról.
Utolsó csapata, az Astana sem ment el szó nélkül egykori versenyzőjük emléke mellett: ők egy falfestménnyel, egy "Tiszteld a kerékpárost!" felíratú molinóval, és gyönyörű egyedi kulaccsal emlékezetek Scarponira.
De nem hiányozhatott a szakaszról, Frenkie, a papagáj sem. A madár nem Scarponié, hanem az egykori kerékpáros egyik szomszédjáé, de rendszeresen elkísérte a bringást annak edzéseire, nem akármilyen párost alkotva.
Frenkie és Michele egy edzés közben: