A középkori magyar történelemben Székesfehérvár Szent István korától a város 1543-ban történt oszmán megszállásáig szakrális jelentőségű helynek számított. A magyar államiság megteremtője, I. (Szent) István nem sokkal az államalapítás után, a Szentföldre vezető zarándokút mentén fekvő városban egy minden addiginál nagyobb bazilika felépítését határozta el, amelyet a végső nyughelyének is szánt.
A kora középkori német székesegyházak mintájára építtetett templom monumentális méreteivel nem csak Magyarország, hanem az István-korabeli Európának is a leghatalmasabb bazilikája lett, amit a szent király utódai folyamatosan tovább építettek, illetve bővítettek.
Az első király, akit a bazilikában kentek fel, István utóda, I. (Orseolo, vagy Velencei) Péter volt, akit még 48 további királyi személy, uralkodók és királynék követtek a székesfehérvári koronázások hosszú sorában.
A 12. századtól egységesnek tekinthető szokásjog szerint
csak három együttes feltétel fennállása mellett koronázhattak meg valakit közjogilag érvényes módon
minden magyarok királyává, nevezetesen, ha a koronázási aktus a Szent Koronával történt, ha a koronát az esztergomi érsek helyezte a felkent uralkodó fejére, és ha a koronázási ceremónia a székesfehérvári Nagyboldogasszony-bazilikában zajlott.
A középkori uralkodók közül ezért kellett például Anjou Károly Róbertet, valamint Hunyadi Mátyást is többször megkoronázni, hogy érvényessé váljon a királlyá választásuk. Az I. Pétert követő Árpád-házi királyok közül egyedül IV. Béla volt az, akinek nem a Nagyboldogasszony-bazilikában, hanem egy másik fehérvári székesegyházban helyezték a fejére a Szent Koronát.
A magyar történelem utolsó székesfehérvári koronázása 1527. november 3-án történt, ekkor I. (Habsburg) Ferdinándot koronázták meg magyar királynak a megszentelt falak között.
Szent István után Könyves Kálmán volt az első magyar uralkodó, akit feleségével, Hauteville-i Felíciával együtt a Nagybodogasszony-bazilikában temettek el.
Kálmán halála, 1116 után vált szokássá a magyar királyok székesfehérvári temetkezése; Szent Istvánnal együtt összesen 15 uralkodót és négy királynét, egy királyi herceget (Szent Imrét), valamint különös kegyből egy nem koronás főt, a bazilika kibővítésében komoly szerepet játszott Ozorai Pipót is, Luxemburgi Zsigmond itáliai származású országbáróját a királyi személyek közé temették.
Már Könyves Kálmán előtt szokás volt, hogy a különösen előkelő főrendeket a bazilika kertjében temessék el, és ez a szokás a későbbi évszázadokban is fennmaradt. Az Árpád-ház 1301-ben III. András halálával történt kihalása után sem szűnt meg ez a szokás, így többek között Anjou Károly Róbertet és fiát, Nagy Lajost, az első Habsburg-uralkodót, Albertet, valamint a Bécsben meghalt Hunyadi Mátyást is Székesfehérváron temették el.
Ugyancsak a Nagyboldogasszony-bazilikában kapta meg a végtisztességet a szerencsétlen sorsú II. (Jagelló) Lajos király is,
aki az 1526. augusztus 29-én lezajlott mohácsi csatában halt hősi halált. Az utolsó koronás fő, akit a székesfehérvári Nagybodogasszony-bazilikában helyeztek örök nyugalomra, az 1540. július 17-én elhunyt I. (Szapolyai) János király volt.
A bazilikát végső nyughelyének szánt Szent István, valamint fia, Imre herceg földi maradványait már 1083-ban, a szentté avatásukkor kiemelték a sírhelyükről, a többi uralkodó földi maradványaira azonban szomorú sors várt.
1543-ban I. (Kanúni) Szulejmán, az Oszmán Birodalom szultánja és az iszlám világ kalifája ötödik alkalommal lépett seregei élén Magyarország földjére. Az 1543-as hadjárattal a padisah a korábbi magyarországi hódításait akarta kiterjeszteni, elsősorban a Dunántúlon. Az oszmán hadak ekkor vették be Esztergomot, és az ősi koronázó várost, Székesfehérvárt is.
A szultáni had 1543. augusztus 23-án ért Székesfehérvár határába, és a város körülzárása után, augusztus 28-tól kezdte el a falak lövetését, majd szeptember 2-án megrohamozták a belső várat. Miután Székesfehérvár hős védője, Varkocs György várkapitány a török roham visszaverése közben elesett, a városi magisztrátus másnap, szeptember 3-án úgy döntött, hogy szabad elvonulás fejében átadják a várost Szulejmánnak, hogy megmentsék a polgárságot, és a felbecsülhetetlen értékű, sok évszázados hiteles helyi irattárat.
A szultán azonban ígéretét megszegve,
lemészároltatta a várból kivonuló fehérvári polgárokat és katonákat,
a megszállt várost - Isztolni Belgrád néven – pedig a budai vilajethez csatolta. Az elfoglalt városban helyőrséget hagyott hátra, amelynek élére béget nevezett ki. A török megszállók mindent módszeresen feldúltak, és a bazilikába betörve, - kincsek reményében – nekiláttak a királysírok kifosztásának is.
A városi defterdár külön elrendelte, hogy „a gyehennára jutott áruló gyaur, az átkozott Jankó" vagyis I. János király földi maradványait vessék szemétdombra. (A király maradványait végül a városban maradt, életben hagyott polgárok mentették meg a megbecstelenítéstől, és éjszaka, titokban eltemették a városfalak mellett.)
Pontosan nem lehet tudni, hogy hány királyi sírt dúltak fel a török martalócok, ami viszont bizonyos, hogy korántsem az összeset, ám a törökök által megkímélt királysírok sem kerülhették el a végzetüket.
A 16. század végén kirobbant hosszúra nyúlt tizenötéves háború idején, 1601-ben a keresztény hadak ostrom alá vették a törökök megszállta Székesfehérvárt. Szeptember 14-én Russwurm császári generális serege átverekedte magát a várost övező, a török védők reménye szerint áthatolhatatlan ingoványon, és betört Székesfehérvár külső területére.
A módszeres ostromot a lőállások kiépítése után szeptember 17-én kezdték el az egyesült keresztény hadak. Szeptember 20-án az ostrom zaját túlszárnyaló hatalmas detonáció robaja rázta meg a környéket a koronázó-bazilika legmagasabb, Ozorai Pipó építtette gótikus tornyában tárolt lőpor felrobbanása miatt.
Az ennek nyomán keletkezett tűzvészben a bazilika főhajója beomlott, és a templom legnagyobb része megsemmisült.
A városba betört keresztény zsoldosok a török megszállók által megkímélt érintetlen királysírokat is feltörték, és kincsek után kutatva szanaszét szórták a megboldogult uralkodók csontjait.
A város visszafoglalása csak ideiglenes sikernek bizonyult, mivel 1602-ben Székesfehérvár ismét török kézre került, és csak a 17. század végi nagy visszafoglaló háborúk idején, 1687-ben szabadult fel végleg az oszmán rabiga alól.
Ami még magmaradt az egykori bazilika falaiból, az ezt követő években, évtizedekben a környék építkezéseire hordták szét; a 19. század elejére az alapokon kívül semmi sem maradt fenn a magyar történelem e nagy múltú szakrális épületéből.
A III. Bélának és felesége, Antiókhiai Anna királynénak tulajdonított egyetlen teljes épségben megmaradt uralkodói sírt
1848-ban csatornaásás közben találták meg.
(1898-ban Ferenc József császár saját költségén a budavári Mátyás-templomban építtetett díszes sírhelyet a királyi párnak, III. Béla és felesége díszes szarkofágja azóta itt látható.)
Az 1848 utáni években elvégzett ásatások számos megbolygatott emberi csontot, az egykori királyok és királynék földi maradványait tárták fel, ezeket az 1938-ban kialakított sírkert osszáriumába helyezték végső nyugalomra. A közös sírkamrát 1984-ben felnyitották, a maradványok antropológiai vizsgálata céljából.
A leleteket a 2000-ben teljesen felújított klimatizált osszáriumba helyezték vissza. Az összehasonlító genetikában az elmúlt egy-két évtizedben történt forradalmi fejlődés talán lehetővé teszi, hogy fél évezred múltán a Székesfehérváron eltemetett királyaink ismét arcot és nevet kaphassanak.