A katedrális neve miatt már bepanaszolta a katolikus egyházat a dél-spanyolországi Andalúzia tartomány turisztikai hivatala is, mert úgy véli, az egyház el akarja törölni a turisták tömegeit vonzó műemlék iszlám múltját. Az andalúz turisztikai hivatal szerint a műemlék tulajdonosa, a római katolikus egyház azzal, hogy weboldalán, szórólapjain és a belépőjegyeken is córdobai katedrálisnak nevezi a templomot, összezavarhatja azt az évente több mint egymillió turistát, aki a "nagymecset" látogatására érkezik.
Rafael Rodriguez, a hivatal vezetője szerinte úgy tűnhet, az egyház el akarja törölni a műemlék muzulmán múltját. Rodriguez kultúrák és civilizációk találkozási pontjának nevezte a nagymecsetet.
A katedrális a viták középpontjában áll 2006 óta, amikor a katolikus egyház a saját tulajdonaként és egyetlen objektumként jegyeztette be a földhivatalban a világörökség UNESCO-féle listáján is szereplő komplexumot. Egy internetes petíció, amelyet eddig 80 ezren írtak alá, azzal vádolja az egyházat, hogy kisajátítja magának a műemléket és elhomályosítja annak iszlám múltját.
A petícióhoz nyílt levélben csatlakozott szerdán a város öt volt baloldali polgármestere, akik szerint az egyház kisajátította magának a város védőszentje, Szent Rafael emlékművét és a teret is, ahol áll. A felhívást nem írta alá a spanyol város jelenlegi jobboldali polgármestere.
Az egyház arra hivatkozik, hogy a templom neve a 13. század óta Szűz Mária Córdobai Katedrálisa. Öt évszázados mór uralom után ekkor foglalta vissza a várost III. Ferdinánd király, ezután építették át a mecsetet, amely egy vizigót keresztény templom helyén állt.
Córdobát a három kultúra városának is nevezik, mert a középkor évszázadain át békében élt itt egymás mellett muzulmán, keresztény és zsidó. A műemlékben, amelyet a város önkormányzata córdobai mecset-katedrálisnak hív, ma is együtt láthatók az iszlám imahely vörös-fehér csíkos árkádjai, ragyogó márványoszlopai és a katolikus templom gazdag reneszánsz és barokk dekorációi.