A két évvel későbbi The Uplift Mofo Party Plan-en nincs radikális változás, csak tovább tökéletesítik a jól bevált receptet, aminek eredményeképpen ebből a lemezből többet adtak el, mint az előző kettőből együttvéve, egészen a 148. helyig tornázva fel magukat a Billboardon, és már nem csak az Egyesült Államokban, hanem Európában is jó eladásokat produkáltak. Látszólag tehát csúcsformában volt a zenekar, de a felszín alatt már jelentkeztek azok a problémák, amelyek árnyékot vetettek az együttes pályafutásának nagy részére a későbbiekben.
Kiedis és Slovak rákaptak a heroinra, és az utóbbinál ez a lépés végzetes tragédiába torkollott; 1988. június 25-én épp a soron következő - egyébként hivatalosan soha meg nem jelent - lemez, a Rockin Freakapotamus munkálatainak közepén a gitáros túladagolta magát és meghalt, s akkor nagyon úgy tűnt, hogy egyúttal a zenekarnak is befellegzett. A legjobban Ironst viselte meg gyermekkori barátjának halála, mély depresszióba zuhant, és végleg otthagyta a Red Hot Chili Pepperst., hogy később saját bandát szervezzen, majd a kilencvenes évek közepén pedig a Pearl Jamben bukkanjon fel újra.
Kiedis és Flea viszont az újrakezdés mellett döntöttek. Először tapasztalt veteránokkal, a Dead Kennedys volt dobosával, Deron "DH" Peligro-val és a Parliament ex-gitárosával, Blackbird McKnight-al próbálkoztak, de ez a felállás működésképtelennek bizonyult. Így kerülhetett a képbe az együttes - és főleg Hillel Slovak - egyik legfanatikusabb rajongója, az akkor még csak 18 éves, fiatal gitárzseni, John Frusciante, akinek a Chilihez fűződő viszonyáról sokat elárul az alábbi idézet:
"A Red Hot Chili Peppers volt számomra a legnagyobb zenekar az egész világon. Fejből tudtam az összes szöveget, basszusmenetet és gitárszólót, és úgy éreztem, hogy az ő zenéjük jelenti minden szépség forrását az életemben."
Frusciante, Flea, Kiedis, Smith - a klasszikussá nemesedett Chili |
Így pedig már semmi akadálya nem volt annak, hogy '89-ben elkészüljön az új felállás első lemeze, az elhunyt gitáros emlékének ajánlott Mother's Milk, amely átütő sikernek bizonyult. A klipesített dalok, mint Stevie Wonder funk-metálba átdolgozott klasszikusa, a Higher Ground és a későbbi igazán nagy, esszenciális Chili slágereket megelőlegező Knock Me Down óriási MTV-s kedvencek lettek, és elhozták a zenekarnak pályafutásuk első aranylemezét. De az igazi nagy dobásra még két évet várni kellett.