Az al-Kaida fő működési területe Ázsia maradt.
Az év első felében nyilvánvalóvá vált, hogy az al-Kaida Afganisztánból kivert harcosai Pakisztánban találtak menedéket. Nem csupán az iszlámabadi kormányzattal hagyományosan dacoló, félig autonóm törzsi területeken bukkantak fel, de beszivárogtak a nagyvárosokba is. Ennek következtében robbant bomba a templomban, és kíséreltek meg merényletet az USA karacsi konzulátusa ellen.
Pervez Musarraf tábornok a népszavazáson újabb elnöki ciklust volt képes adni magának. A parlamenti választások ugyan az iszlámista erők megerősödését hozta magával, ám Pakisztán gyakorlati irányítása a puccsistából lett elnök kezében van.
2002 folyamán - nem utolsósorban a kasmíri iszlámista szakadároknak köszönhetően - Pakisztán és India viszonya ismét kiéleződött. Az atomhatalmak háborúja ezúttal elmaradt, ám a viszály értékes erőforrásokat kötött le a pakisztáni-indiai határon, ezáltal pedig csökkent az al-Kaida rejtőzködő tagjaira nehezedő nyomás.
Pakisztán és az USA azonban sikereket is elért, az FBI és a helyi rendőrök a hálózat több tagját letartóztatták. Pakisztán jelentősége a terrorizmus elleni hadviselésben azután sem csökken, hogy az al-Kaida más államokban is felbukkant.