Taylor a líbiai felkészítés után Elefántcsontparton lelt menedékre. Az ottani elnök sógorát Doe libériai diktátor kivégeztette, így sok segítséget kapott a fegyveres hazatérés előkészítéséhez.
Taylor mindig is szerette az egyházi jelképeket, így nem véletlen, hogy hazatérését is karácsonyra időzítette. 1989. december 24-én tért haza Libériába, először azóta, hogy a Doe-rezsimtől sikkasztott pénzzel az USA-ba menekült. Mindössze 150 fegyveressel lépte át Elefántcsontpart felől a határt, azonban hamarosan két lázongó törzs beszervezésével már 4000 harcos élén indulhatott a kormánycsapatok ellen.
Ekkor vette kezdetét a napjainkban is tartó, rettenetesen véres polgárháború Libériában. Taylor csapatai 1990-ben bevonultak a fővárosba, elfogták Doe elnököt, és halálra kínozták. A lassú kivégzést elrettentésül videóra vették. A háború ezzel nem ért véget: a lázadók frakciókra estek szét, és legalább hat csoport kezdett marakodni az ország irányításáért.
Taylor ekkor kezdte alkalmazni azt a harcmodort, amit vetélytársai és a régió több szabadcsapata is átvett azóta. Teljes falvakat irtott ki, csak a gyerekeket életben hagyva. A lányokat katonái ágyasaivá tette, a fiúkat pedig besorozta. Az otthon és család nélkül maradt 10-16 éves katonákat sok egységnél kábítószerekkel tették még engedelmesebbé. Ekkor tűntek fel a sereg őrült tábornokai, akik Taylor leghűségesebb hadvezérei voltak: No-Mother No-Father, Fuck-Me-Quick, Baby Killer vagy éppen Butt Naked. Utóbbi Pucér Segget jelent, és nevét onnan kapta, hogy gyerekhadseregével meztelenül támadt falvakra. A lakosság legyilkolása után focimeccseket szervezett, levágott fejeket használva labdának. A seregben szokás volt lányruhába vagy éppen szőke parókába öltöztetni a támadókat tömeggyilkosságok előtt. Taylor hadseregét hivatalosan Nemzeti Hazafias Frontnak hívták.
Butt Naked tábornok Taylor rendszerének egyik kegyeltjeként most is Libéria fővárosában él, és lelkészként dolgozik. Néhány évvel ezelőtt egy isteni látomás hatására megbánta gyilkosságait, melyeket már nem is tudott összeszámolni, és Istennek tetsző életre törekszik. Saját állítása szerint a Sátán befolyása alatt követte el a rémtetteket, de ma már azt gondolja, hogy bűn ölni.
Taylor 1995-ben kötött békeszerződést riválisaival, és 1996-ban az országba békefenntartók érkeztek. A rend azonban nem állt helyre, viszont fokozatosan egyértelművé vált, hogy ő a legerősebb hadúr az országban. 1997 elején bejelentette, hogy az országot megtisztította a rossz elemektől, ezért kiszáll a politikából, és üzletemberként próbál hazájának segíteni. Ennek ellenére néhány hónappal később indult a nemzetközi felügyelet alatt tartott elnökválasztáson, és a szavazatok 75 százalékát megszerezve elnök lett.