A várost az időszámítás kezdete előtt alapították, már az i. e. 5. évezredben is lakott volt. I. e 400 körül a kelták, majd i.u. az I. században a rómaiak jelentek meg. Alapító levelét Szent István király 1009-ben állította ki Copus városának. Kaposszentjakabon bencés apátság épült, később Újvár néven várat emeltek. A törökök 1555-ben foglalták el, 1680-ban felszabadult, majd rögtön Esterházy Pál herceg birtokába került.
A város a XVIII. században fejlődött közigazgatási centrummá. Először vásártartási jogot nyert, majd vármegyei közgyűlést tartottak, végül 1749-ben megyeszékhellyé nyilvánították. A reformkorban megnyílt az első négyosztályos gimnázium, 1866-ban pedig megjelent a Somogy című hetilap. Hamarosan bekapcsolták a vasúti hálózatba és megnyílt a cukorgyár. A XX. században megerősítette régióközponti szerepét, 1929-ben megyei várossá, 1942-ben törvényhatósági jogú várossá, 1990-ben megyei jogú várossá nyilvánítják. Közben hozzácsatolják Kaposszentjakabot (1950), Toponár, Töröcskét és Kaposfüredet (1973).
1995 óta a környéken állomásoznak a boszniai békefenntartó erők (IFOR) és a közeli Taszár légibázisát használja az amerikai hadsereg, valamint a NATO. 2000-ben a felsőoktatási integráció révén létrejött a Kaposvár Egyetem.