Teljesítménye az akkori spanyol szövetségi kapitány, José Antonio Camacho figyelmét sem kerülte el, aki 2002 elején meghívta őt a Portugália ellen készülő keretbe, sőt be is vetette Joaquínt - aki ezután a nemzeti tizenegyben is hozta bajnoki formáját, így kiharcolta a kerettagságot a 2002-es világbajnokságra is.
A Koreai Köztársaságban és Japánban megrendezett viadalon a jobb oldalon kezdetben a rutinosabb Luis Enrique szerepelt a válogatottban, de az utolsó, Dél-Afrika elleni mérkőzésen (addigra már a korábbi két győzelem következtében eldőlt a továbbjutás) kezdőként debütált a világeseményen, végigjátszotta a 90 percet, amely 1-0-s spanyol győzelemmel ért véget.
Az írek elleni, tizenegyesekkel megnyert nyolcaddöntőt aztán ismét a kispadon ücsörögte végig, majd a Koreai Köztársaság elleni negyeddöntőben újra a kezdő csapatban számított rá Camacho. Valószínűleg egyikük sem gondolta volna, hogy ez lesz Joaquín egyik legemlékezetesebb, egyben legborzasztóbb mérkőzése pályafutása során, pedig így történt. Miután sem a rendes játékidő, sem a hosszabbítás nem hozott döntést, tizenegyespárbajra került sor, a negyedik párban pedig a jobbszélső hibázott, Lee Woon Jae kivédte a büntetőt, Spanyolország kiesett.
A történtek után nyilván óriási bizonyítási vágy fogta el az akkor még mindig csak 21 esztendős Joaquínt, aki a 2002-2003-as idényben élete legjobb formáját hozta, a bajnokságban kilenc gólt ért el (ezzel második lett a Betis házi góllövőlistáján), de betalált az FK Viktoria Zizkov ellen az UEFA-kupában is - mégpedig tizenegyesből.
A következő szezonban sem adta sokkal alább, nyolc gólt ért el, ami elég volt a házi gólkirályi címhez, ismét gólt szerzett hazai pályán a Real Madrid ellen, és kétszer is duplázott, ezt a Real Sociedad és a Málaga CF bánta. A csapatnak viszont nem nagyon ment, előbb a nyolcadik, majd a kilencedik helyen zárta a Primera División küzdelmeit. Eközben persze folytak az Európa-bajnoki selejtezők, a válogatottban azonban Luis Enrique visszavonulása után a baszk Joseba Etxeberría foglalta el a jobb oldalt
A portugáliai Eb-keretbe kerülés így sem volt kérdéses; az első mérkőzésen még nem vetették be, Görögország ellen viszont már a félidőben pályára lépett Etxeberría helyén, a házigazda Portugália ellen pedig kezdőként szerepelt. Nem tudott azonban segíteni a gárdán, Spanyolország szégyenszemre a csoportkör után búcsúzott a tornától.