A Mallorcán töltött rövid nászút után az ifjú férj csatlakozott társaihoz a Betis edzőtáborában. A BL-lel járó kettős terhelés törvényszerűen megviselte az együttest, az idényben a zöld-fehérek csak szenvedtek a bajnokságban, végül a 14. helyen zártak, mindössze három ponttal megelőzve a legjobb kieső csapatot.
Nemzetközi vizeken valamivel jobban ment az együttesnek, Joaquínék az AS Monacót legyőzve bejutottak a csoportkörbe, ahol többek között otthon verték meg a Chelsea FC-t, idegenben játszottak döntetlent a Liverpoollal, azonban a sevillaiaknak végül be kellett érniük a csoport harmadik helyével két angol sztárcsapat mögött, ami, valljuk be, meg is felelt a papírformának.
Tavasszal tehát az UEFA-kupában folytathatták, ahol a Betis még kiverte a holland AZ Alkmaart, a nyolcaddöntőben a Steaua Bucuresti viszont búcsúztatta a zöld-fehéreket - nem is akárhogyan. Joaquínt, aki természetesen mindegyik mérkőzésen kezdőként jutott szóhoz, a visszavágó 60. percében, 1-0-s román vezetésnél törlesztésért kiállították, a csapat pedig további két gólt kapott, és 3-0-s összesítéssel búcsúzott az európai porondtól.
Május végén aztán a jobbszélső bejelentette távozási szándékát, kifejtve, hogy szívesen maradna hazájában, de egy angliai szerződésre sem mondana feltétlenül nemet. Ismét megkezdődtek tehát a találgatások, előbb azonban következett a németországi világbajnokság. Luis Aragonés elődeihez hasonlóan nem kezdőként számított Joaquínra, a második, Tunézia elleni csoportmérkőzésen viszont már becserélte, a szaúdiak elleni, gyakorlatilag tét nélküli összecsapás alkalmával pedig a kezdő tizenegyben szerepeltette a játékost.
A nyolcaddöntőben Franciaország ellen ismét csereként állt be, a Tunézia elleni meccshez hasonlóan David Villa helyére, ezúttal azonban ez a manőver többet ártott, mint használt Spanyolország válogatottjának, amely a 3-1-es vereséggel kiesett a vb-ről.