Az első fordulóban az Atlético Madrid ellen aztán a bajnokságban is bemutatkozott új együttesében, ám ezt követően az egyik edzésen megsérült, és három hónapos kényszerpihenő következett. Ez már csak azért is rosszul jött a számára, mert miután 2007 júliusában megkapta a portugál állampolgárságot, a luzitán válogatott mestere, Luiz Felipe Scolari meghívta őt a nemzeti csapatba, de így ki kellett hagynia a lengyelek elleni Eb-selejtezőt.
Persze címeres mezbeli debütálásra azért nem kellett sokáig várnia, hiszen Scolari felépülését követően is számított rá, így Pepe tavaly novemberben portugál válogatott lett - követve Deco példáját, aki szintén brazilból lett luzitánná. A Realban is visszaszerezte a helyét a kezdő tizenegyben, és az FC Barcelona elleni idegenbeli rangadón is ott volt a csapatban, a clasicón pedig szinte hibátlan teljesítményt nyújtott, a mezőny legjobbjának bizonyult, és nagy szerepe volt abban, hogy a madridiak a Camp Nouban is nyerni tudtak 1-0-ra.
Balszerencséjére január közepén megint kidőlt a sorból (ezúttal az Atlético Madrid elleni derbin kapott rúgást), és két hónapig megint nem léphetett pályára. Azért az AS Roma elleni BL-nyolcaddöntőre felépült, de itt sem volt szerencséje, hiszen a madridi visszavágón a második félidőben piros lapot kapott, és csapata emberhátrányban kikapott az olaszoktól, így kiesett a sorozatból.
Ez azonban nem rengette meg helyét a kezdő tizenegyben, és a bajnoki hajrában is alapember maradt, a szezon végeztével pedig aranyéremnek örülhetett. Természetesen Scolari sem feledkezett meg róla a válogatottban, Pepe bekerült az Európa-bajnokságra utazó keretbe, és a törökök elleni mérkőzésen meg is szerezte első gólját a címeres mezben.