A Magyar Országos Baseball és Softball Szövetség versenyszabályzata értelmében az NBI 2006-os küzdelmeiben hat csapat vesz részt. Az alapszakaszban oda-visszavágós körmérkőzéssel döntik el a helyezéseket (10 forduló).
A rájátszásban az alapszakasz 1-4. helyezettjei vívják az elődöntőket (az első a negyedikkel, a második a harmadikkal). Az elődöntők három nyert mérkőzésig tartanak, ugyanúgy, mint a 3. helyért folyó párharc is az elődöntő vesztesei között. A bajnoki címet az a csapat szerzi meg, amelyik a nagydöntőben négy mérkőzést nyer meg.
Az alapszakasz ötödik és hatodik helyezettje a másodosztály első két helyezettjével vív két nyert meccsig tartó osztályozót.
A magyar és a szlovák szövetség közös ligaküzdelmeket is szervez első osztályú csapatai részére, melyben azonban nem kötelező a részvétel. Ennek ellenére öt élvonalbeli magyar csapat is nevezett a magyar-szlovák bajnokságba (a Nagykanizsa csak első csapatát nevezte). Mindez további tíz mérkőzést jelent a csapatok részére, mivel minden magyar résztvevő két meccset (oda-visszavágó) vív minden szlovák együttessel.
A most elkezdődött baseballszezon első fele július elejéig tart, majd az augusztus 20-i hétvégén folytatódnak a küzdelmek.