A 2004-es esztendő azonban nem kezdődött valami jól Diego számára. A középpályás januárban az olimpiai válogatottal az ötkarikás játékok dél-amerikai selejtezőjén vett részt, és Brazíliában mindenki biztos volt benne, hogy a selecao kiharcolja a részvételt az athéni viadalra, de a csapat Argentínától és Paraguaytól is 1-0-s vereséget szenvedett, nem jutott ki az olimpiára. Ráadásul klubjában sem ment neki a játék, és az állami bajnokság elődöntőjében a Sao Caetano ellen kisebb konfrontációba keveredett edzőjével. A 4-0-s vereséget, és így kiesést hozó összecsapást követően Émerson Leao a nyilvánosság előtt alaposan lehordta focistáit, és különösen a Diegóval volt elégedetlen: a középpályást a második félidő elején lecserélte, mire kisebb szóváltás alakult ki kettejük között. A szemtanúk szerint Diego a következőket mondta: "Már megint, főnök?" - utalva arra, hogy az utóbbi időben Leao rendszeresen idő előtt lehozta a pályáról. A középpályás ezt követően állítólag válogatott sértéseket vágott a tréner fejéhez, aki így reagált: "Ülj le a padra, kisgyerek."
Végül aztán Leao húzta a rövidebbet, hiszen nem sokkal később menesztették, és a gárda új szakvezetője Wanderley Luxemburgo lett, aki ismét alapemberként számított Diegóra, a középpályás pedig lassan ismét játékba lendült. Az áprilisban kezdődő országos bajnokságban kiválóan futballozott, az első négy játéknapon három gólt ért el, és teljesítményének köszönhetően visszakerült a válogatottba is, Carlos Alberto Parreira mester kivitte őt a 2004-es Copa Américára. A kontinensviadalon négy összecsapáson is pályára lépett, igaz, mindegyik alkalommal csereként, de például a fináléban is pályára küldték, és a büntetőpárbaj során értékesítette is a maga tizenegyesét - Brazília pedig aranyéremmel zárta a viadalt.