Az Ajaxnál is érezték, hogy nagy szükség van rá, és miközben az amszterdamiakat sorra hagyták el legjobbjaik, Sneijderrel 2005 novemberében szerződést hosszabbítottak. Az új kontraktus 2009-ig kötötte a focistát a klubhoz, és a középpályás jól kezdte az idényt, azonban 2006 januárjában, az FC Twente elleni bajnokin megsérült, és még a világbajnoki részvétele is veszélybe került.
Csak április végén térhetett vissza a pályára, de a bajnoki rájátszásban (ahol a BL-szereplés volt a tét az Ajax számára) csereként beállva is gólt szerzett az FC Groningen ellen, és éppen ez a találat kellett ahhoz, hogy klubja kiharcolja a Bajnokok Ligája selejtezőjében való részvételt.
A vébén is megmutathatta magát, itt éppen Van Persie-t (középen) köszönti gólja után
Így aztán Marco van Basten kivitte a 2006-os vébére, sőt, a szakvezető a jelek szerint maximálisan bízott benne, hiszen a hollandok mindegyik mérkőzésén a kezdőtizenegybe jelölte, azonban Sneijder nem remekelt, mint ahogyan az Oranje sem, amely a nyolcaddöntőben 1-0-s vereséget szenvedett Portugália ellen.
A 2006-2007-es idény egészen fantasztikusan kezdődött a középpályás számára, az első két bajnokin négy találatot ért el, és Sneijder a későbbiekben is elképesztően gólerősen játszott. A szezon felénél már kilenc gól állt a neve mellett, és miután az Ajax 2007 januárjában szerződtette egykori klasszisát, Edgar Davidsot, Sneijder még inkább a támadásokra koncentrálhatott.
Huntelaarral (középen) remekül megértették egymást
Ennek köszönhetően 18 góllal zárta a bajnokságot, góljai nagy részét távoli bombákból és szabadrúgásokból szerezve, és emellett számtalan gólpasszt is adott. Az Ajax vezérletével megint a playoffon keresztül biztosította be BL-selejtezőbeli szereplését, ezen kívül megnyerte a holland kupát is, és szinte mindenki biztos volt benne, hogy a középpályás a nyáron távozik a csapattól - a kérdés csak az volt, hogy hová igazol.