A következő idényben szinte kihagyhatatlannak számított a liverpooliak kezdő tizenegyéből: kilenc gólpassza mellett három találatot is elért, mindegyiket a tizenhatoson kívülről, de a legemlékezetesebb gólt nem a Premier League-ben, hanem az FA-kupában szerezte.
A Luton Town elleni találkozón előbb közel 40 méterről volt eredményes, de ezt is felül tudta múlni: amikor a hajrában a lutoniak kapusa előrement az egyenlítés érdekében, akkor Xabi Alonso a saját térfeléről ívelt az üresen maradt kapuba. Mint kiderült, ezzel nagyon jót tett egy liverpooli drukkerrel, bizonyos Adrian Haywarddal, aki még a szezon elején 200 fontot tett arra, hogy Alonso az idény során szerez ez ilyen találatot. A szerencsés fogadó ezzel 25 ezer fontot tehetett zsebre!
A 2005-2006-os szezon egyébként nem fejeződött be trófea nélkül Xabi számára, hiszen a liverpooliakkal megnyerte az FA-kupát, a nyáron pedig a spanyol válogatottal részt vehetett a 2006-os világbajnokságon.
A torna első két mérkőzésén ott volt a hispánok kezdő tizenegyében, sőt, Ukrajna ellen be is talált egy szögletet követően (mindezidáig ez az egyetlen találata a címeres mezben), de a következő két összecsapást már csak a kispadról nézhette végig, így azt is, hogy a gárda a franciák elleni nyolcaddöntőben 3-1-es vereséget szenved, és búcsúzik a tornától.
A következő idényben is alapember maradt Liverpoolban, és tovább folytatta a távoli találatok sorát. A Newcastle United ellen például egészen elképesztő módon megint a saját térfeléről volt eredményes, ráadásul ezúttal úgy, hogy a Szarkák portása, Steve Harper elvileg a kapuban állt - gyakorlatilag azonban kissé kinn helyezkedett, és Alonso ezt használta ki.