Mindez olyan volt Fernando számára, mintha egy álom valósult volna meg, hiszen mindig is a "colchonerók" híve volt, elképzelhető tehát az öröme, amikor kiderült: az Atlético szerződést ajánlott a számára. A klubnál az első edzője Manolo Rangel lett, akit Fernando a mai napig nagy szeretettel emleget. Az ifjú tehetség hatalmas lelkesedéssel járt az edzésekre, pedig mindez a családjának nem kis nehézséget okozott: édesapjának korábban el kellett jönnie a munkából, hogy el tudja a srácot vinni az Atlético edzőközpontjába, Orcasitasba, majd visszavonatozott Fuenlabradába, a munkahelyére. Arra is akadt példa, hogy a mama vagy valamelyik tesó kísérte el Fernandót az edzésre, aki majd' mindegyik nyilatkozatában megemlíti, hogy családja segítsége nélkül nem juthatott volna el ilyen messzire.
Az Atlético eközben története egyik legnagyobb sikerét elérve az 1995-96-os szezonban duplázni tudott, vagyis a bajnokságot és a spanyol kupát is megnyerte. A Diego Simeone, Milinko Pantic, Kiko nevével fémjelzett gárda mérkőzésein Fernando mindig ott volt, és a lelátón, a szurkolókkal együtt élte meg a diadalokat, ami még tovább erősítette kötődését a klubhoz. De az idő tájt már az Atléticónál is sejtették, hogy csiszolatlan gyémánt került a kezük közé, és őt már nem akarták eltékozolni úgy, mint egykoron Raúlt, aki szintén az Atléticóban kezdte pályafutását.
Fernando Torres fokozatosan lépkedett előre a szamárlétrán, és 1998-ban, azaz 14 esztendősen csapatával részt vett az egyik legfontosabb, klubok számára szervezett utánpótlástornán, a Nike-kupán. A spanyolországi selejtező megnyerése után az európai döntő következett, olyan ellenfelekkel, mint az AC Milan, a Juventus FC vagy a Manchester United - de az Atlético ott sem talált legyőzőre. Az elődöntőben a Real Madridot verték 2-0-ra, majd a fináléban az olasz Reggina ellen diadalmaskodtak, ráadásul a döntő után Fernando Torrest választották a torna legjobb játékosának - s ezután már külföldről is elkezdtek érdeklődni az ifjú tehetség iránt.