Az 1999-2000-es idényt még a serdülők között kezdte, de az ifiknél fejezte be, és sérülése ellenére is közel 20 gólt ért el, egy évvel később még nagyobbat lépett előre. 2000 decemberében meghívót kapott az U16-os válogatottba, amellyel szerepelhetett a 2001-es Európa-bajnokságon, és a kontinensviadalon, amelyet Angliában rendeztek, a spanyolok Fernando Torres vezérletével remekeltek. A csoportkörből Romániát és Belgiumot legyőzve mentek tovább, majd büntetőkkel búcsúztatták Olaszországot, az elődöntőben Horvátország volt az "áldozat", és a fináléban Franciaország sem jelentett akadályt. A döntőben Fernando Torres szerezte a győztes találatot, és megint csak ő lett a viadal legjobb futballistája.
Miután visszatért a kontinensviadalról 2001 májusában, klubjánál már a felnőttek között edzhetett, majd május 27-én bedobták a mély vízbe, hiszen bemutatkozhatott a nagyok között a Leganés ellen. Egy héttel később, az Albacete elleni összecsapáson pedig első találatát is megszerezte a nagycsapatban, és az Atlético azzal a góllal nyert 1-0-ra. Az akkor a másodosztályban szereplő gárda azonban az utolsó fordulóban elbukta a feljutást, így Fernando öröme - bármennyire is jól sikerült bemutatkozása - nem volt felhőtlen.
Nem ritkák a látványos Torres-megmozdulások
A következő idényben a még mindig csak 17 esztendős támadó már alapembernek számított az Atléticóban, és 36 bajnokin szerepelt - pedig novemberben nem is számíthattak rá, mivel a spanyol U17-es válogatottal Trinidad és Tobagóra utazott, a korosztályos világbajnokságra. Ugyan Közép-Amerikában is szerzett egy gólt, de a spanyol gárda leszerepelt, és Fernandónak sem ment a játék, mint ahogy a bajnokságban sem úgy játszott, ahogyan ő szerette volna - hat találatot azért szerzett, ráadásul az Atlético végre feljutott a legjobbak közé. 2002 júliusában azonban megint remekelt, hiszen az U19-es Európa-bajnokságon aranyérmet szerzett a spanyol csapattal, négy találattal ő lett a torna gólkirálya, és a legjobb játékosnak is őt választották meg.