Akárcsak az előző idényben, a 2006/07-es európai kézilabdakupa-szezonban is tizenegy magyar csapat indulhat. A Kiskunhalas még nem szerepelt a nemzetközi porondon.
A nőknél a Győr, az FTC, a Dunaferr, a Debrecen és a Cornexi az utóbbi években rendre játszhat a különféle kupákban, míg a Kiskunhalas most először harcolta ki a jogot.
A férfiaknál a Veszprém, a Szeged, a Dunaferr és a PLER-Airport szintén megszokott induló, míg a Komló utoljára az 1994/95-ös évadban volt európai kuparésztvevő, akkor a jelenlegi szövetségi kapitány, Skaliczky László irányította gárda az azóta megszűnt City-kupában a portugál ABC Bragával szemben maradt alul a 16 közé jutásért rendezett párharcban.
A magyar indulók, nők:
Bajnokok Ligája: Győri Audi ETO KC, Ferencváros
EHF-kupa: Dunaferr, Debrecen, Kiskunhalas
KEK: Cornexi-Alcoa-HSB Holding
férfiak:
Bajnokok Ligája: MKB Veszprém, Pick Szeged
EHF-kupa: Dunaferr, PLER-Airport
KEK: Komlói BSK-Fűtőerőmű.