Buffont akkor már kétségtelenül a világ legjobb kapusának tartották, a nemzetközi futballstatisztikákkal foglalkozó szervezet, az IFFHS 2003-ban és 2004-ben hivatalosan is őt választotta meg az év hálóőrének. Nagyon jól érezte magát Torinóban, és 2005-ben meg is hosszabbította szerződését 2008-ig, ráadásul úgy, hogy még a fizetéscsökkentésbe is belement. A 2005-2006-os bajnokság első felét ki kellett hagynia, mert a hagyományos Silvio Berlusconi-kupán az AC Milan ellen vállsérülést szenvedett, amikor összeütközött a rossonerók sztárjával, Kakával, de felépülését követően ismét csúcsformában védett, és természetesen a 2006-os világbajnokságon ő állt az olasz válogatott kapujában.
A tornán Buffon kiemelkedő teljesítményt nyújtott, és mindössze két gólt kapott. A második csoportmérkőzésen az Egyesült Államok ellen csapattársa, Cristiano Zaccardo vette be a kapuját, a döntőben pedig Zinédine Zidane tizenegyesből járt túl az eszén, ám a két találat között 453 percen keresztül érintetlen maradt a hálója. A vébével felért a csúcsra, hiszen az olaszok megnyerték az aranyérmet, Buffon pedig megkapta a sorozat legjobb kapusának járó Lev Jasin-díjat.
Pedig nem lehetett könnyű a világbajnokságra koncentrálnia, hiszen közvetlenül a torna előtt azzal vádolták meg, hogy illegális sportfogadásban vett részt. Buffon maga jelent meg az ügyészségen, hogy tisztázza a vádakat: elismerte, hogy szokott fogadni, de azt tagadta, hogy olasz bajnokira is tett volna, így felmentették. Közben kirobbant a calciopoli-botrány, amelynek során a Juventustól elvették a 2005-ös és a 2006-os bajnoki címet is, a klubot pedig a másodosztályba száműzték. Sokan biztosra vették, hogy Buffon nem tart a Serie B-be a torinóiakkal (a pletykák szerint az AC Milan szívesen vitte volna), de ő kitartott, és ezzel végképp belopta magát a Juve híveinek szívébe.
A kapus vezérletével a Zebrák azonnal visszajutottak a legjobbak közé, majd újoncként bronzérmesek lettek a Serie A-ban. Buffon időközben megint szerződést hosszabbított, ezúttal 2013-ig írt alá a klubhoz, és hogy továbbra is fantasztikus formában van, azt az Európa-bajnokságon is bizonyította. A románok elleni csoportmeccsen kivédte Adrian Mutu tizenegyesét, ami jelentősen hozzájárult a squadra azzurra továbbjutásához, és a spanyolok elleni negyeddöntőn is hárított egy büntetőt, de ez kevés volt a továbbjutáshoz. Ezzel együtt kétség sem férhet hozzá, hogy Buffon továbbra is ott van a világ három legjobb kapusa között - immár közel tíz esztendeje.