A miniszterelnököt számos bírálat érte egyrészt az MSZP-n belül, másrészt a közvélemény részéről is. A közvélemény-kutatások sorban azt mutatták, hogy folyamatosan csökken a kormányfő népszerűsége.
Medgyessy széke már mindjárt megválasztását követően megingott, amikor kiderült III/II-es múltja. Végül azonban egyben maradt a koalíció, mind az MSZP, mind az SZDSZ kiállt a miniszterelnök mögött, bár az SZDSZ ellenzéki tagjai ezt azóta sem tartják jó ötletnek.
A későbbi ügyek során azonban sosem került szóba a miniszterelnök idő előtti távozása. Medgyessyt bírálták kubai nyaralása és nevelt lánya MTV-s tevékenysége miatt éppúgy, mint a gazdaság állapota vagy a söjtöri kormányülés pazar ebédje miatt. A miniszterelnök köztudottan makacs ember akkor is, ha pozíciók betöltéséről van szó. Azt még elérte az MSZP elnöksége, hogy ne Draskovics Tibor, Medgyessy kabinetfőnöke legyen a kancellária miniszter (Kiss Elemért végül Kiss Péter addigi munkaügyi miniszter váltotta), de Draskovics sem maradt pozíció nélkül: László Csaba helyett ő lett az új pénzügyminiszter. Az MSZP ugyanakkor Veres János államtitkárt látta volna szívesen ezen a poszton.
Tárcát kapott Medgyessy korábbi tanácsadója, Gyurcsány Ferenc is, amikor Jánosi György helyett ő lett a sportminiszter. Bár Gyurcsányt - és kinevezése miatt a kormányfőt - sok bírálat érte a volt tanácsadó korábbi üzleti ügyei miatt, Gyurcsány az utóbbi időben a korábbinál nagyobb népszerűségre tett szert a párton belül, februárban ő lett a győri MSZP elnöke.
Korábbi sajtóhírek szerint ugyanakkor Medgyessy az EP-választás után ismét áttekinti a kormány működését, és nem kizárt, hogy újabb átalakításra kerül sor.