2006 tavaszán már nyílt titok volt, hogy Ballack elhagyja a Bayernt, a kérdés csak az volt, hogy melyik európai sztárklub szerzi meg.
A Real Madrid továbbra is érdeklődött iránta, de ugyanígy tett a Manchester United és a Chelsea FC is. Sokan biztosra vették, hogy a középpályás a MU-ban fog kikötni, hiszen a manchesteriek mestere, Sir Alex Ferguson többször is elismerően nyilatkozott róla, de végül alighanem a pénz döntött - még ha Ballack váltig állította is, hogy sportbéli indokok miatt választotta a londoni egyesületet.
Az Angliába költözés előtt azonban még várt a focistára egy nagyon fontos feladat, jelesül a 2006-os világbajnokság, amelyen a német csapat házigazdaként szerepelt. Ballack a Nationalelf csapatkapitánya volt, éppen ezért egy egész ország ijedt meg, amikor kiderült: sérülése miatt nem léphet pályára a vébé nyitómérkőzésén Costa Rica ellen. A következő, lengyelek elleni találkozón azonban már ott volt a kezdő tizenegyben, Ecuador ellen pedig már hivatalosan is a mezőny legjobbja volt - még gólpasszt is adott Miroslav Klosénak.
Az argentinok elleni negyeddöntőn megint őt választották meg a mérkőzés legjobb játékosának (csapatkapitányhoz méltó magabiztossággal értékesítette a maga büntetőjét a tizenegyespárbajban), az elődöntőben Olaszország ellen azonban már hiába remekelt, a squadra azzurra hosszabbításban jobbnak bizonyult. A bronzmeccset ki is hagyta, így a Nationalelf nélküle szerezte meg a harmadik helyet, de összességében ezen a világbajnokságon is a torna legjobbjai közé tartozott.
A vébé után pedig már a Chelsea FC-ben kezdte meg a felkészülést az új idényre, és a szakértők egy része nagyon kíváncsi volt arra, hogy José Mourinho miként fogja megoldani Ballack és a londoniak másik klasszis középpályásának, Frank Lampardban az együtt szerepeltetését. A portugál szakvezető azonban ezt korántsem tartotta problémának, és még a 13-as mezszámot is odaadta a német középpályásnak, aki a válogatottban és a Bayernben is ezzel a számmal futballozott.
Nem is indult rosszul a londoni pályafutása, hiszen többnyire a kezdő tizenegy tagja volt, és bár nem volt olyan eredményes, mint Münchenben, többnyire fontos találatokat ért el: a csapat az ő kapásgóljával jutott túl a BL-ben az FC Portón, és az FA-kupa elődöntőjében is ő érte el a győztes találatot a Blackburn Rovers ellen a hosszabbításban.